9、COVID-19的起源、分子结构、功能及进化洞察

COVID-19的起源、分子结构、功能及进化洞察

1. 配体结合位点基序预测

在研究COVID - 19时，配体结合位点基序预测是一个重要方向。不过目前来看，一些结合情况似乎不太可能发生。很可能这种结合力相当弱，以至于典型底物和刺突蛋白都能将其取代。与芳香族基团的相互作用在这里可能很重要。

对配体结合位点基序的预测已经有了一些思考，但到目前为止，在揭示更多关于上述情况的有趣结果方面，基本上是负面的，尽管可能错过了一些迹象。结合位点通常包含不连续（在序列中恒定）的保守残基，这需要进一步更明确的研究。尽管长度为2到6个氨基酸残基的子序列值得快速初步研究，因为它们通常参与配体相互作用。通过BLAST - p和Clustal Omega确定的匹配在统计学上并不显著，但可以像考虑表位预测一样，将弱匹配视为配体结合位点预测。

在这部分考虑的方法中，大黄素、卡贝缩宫素及相关化合物的结构涉及到芳香环的讨论，进而涉及苯丙氨酸（F）、酪氨酸（Y）和色氨酸（W）以及更广泛的具有疏水特性的氨基酸残基。极性子序列也是带电配体的强结合剂，或者在某些方面对带电原子或无机粒子有作用。就冠状病毒刺突蛋白中的此类子序列而言，像DRETS和DREDS这样的极性电荷模式基序在配体结合中很常见，这些配体结合的原子可能在对抗SARS的进入、激活或复制方面有一定作用。特别是，像SARS - CoV NSPs这样的基序有锌指基序，而RET，尤其是RED在包括锌指基序的PROSITE基序中很常见。

然而，这并不直接适用于刺突蛋白。例如，在GenBank条目中，AIA62240.1以及DREDS和DRETS与第一个武汉刺突蛋白序列MN908947.3的SRLDK和NP_073551.1刺突蛋白的DRLDT在三向