gnuplot 安装问题

在使用fasta-toolkit的过程中fastq_quality_boxplot_graph.sh时需要安装gnuplot这个软件

安装步骤网上都能google到,这里就不介绍了。

简单说下遇到的问题

1.使用时会缺少prologue.ps文件

这个文件应该是一个配置文件,所使用的软件会提供这个配置文件,也可以自己编辑设置。另外这个文件需要加入到gnuplot的loadpath中。可以在gnuplot中输入set loadpath设置路径。

2.使用时会有unknown or ambiguous terminal type type just 'set terminal' for a list这个问题

这个问题是由于libgd的版本低造成的需要在终端中安装libgd2以上的版本

ubuntu中输入sudo apt-get install libgd2-dev安装

安装之后在重新安装gnuplot就可以在set terminal命令下看到更多能够支持的类型包括.png .jpg .gif等等


### 不同操作系统上的 Gnuplot 安装方法 #### CentOS 上通过 YUM 源安装 Gnuplot 对于基于 Red Hat 的 Linux 发行版,如 CentOS,可以利用系统的包管理器 `yum` 来简化安装过程。只需执行如下命令即可完成安装: ```bash sudo yum install gnuplot ``` 这会自动解决依赖关系并安装最新版本的 Gnuplot 到系统中[^1]。 #### Windows 系统下的 Gnuplot 安装指南 针对 Windows 用户,推荐访问官方 SourceForge 页面获取最新的二进制分发文件。具体来说,在页面 https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/ 中选择适合当前操作环境(例如 64位 Windows)的可执行安装程序进行下载和安装。以版本 5.4.1为例,对应的安装文件名为 gp541-win64-mingw.exe[^2]。 #### 使用 Mumax3 配套安装于 Windows 10 当计划将 Gnuplot 应用于特定领域比如物理学模拟时,可能还会涉及到其他软件如 Mumax3 的联合部署。此时除了上述常规步骤外,还需确保两个应用程序之间能够良好协作。按照相关文档指导配置路径变量等设置,以便实现无缝集成工作流[^3]。 #### 解决 Linux 下无法启动的问题及额外组件支持 有时即使成功完成了基本安装流程,在某些情况下仍然可能会遇到无法正常运行的情况。这时建议进一步考虑安装 Maxima 这样的辅助工具来增强计算能力;同时确认已正确设置了 `$PATH` 变量指向 `/usr/local/bin` 或者相应目录,使得终端能识别到新加入的应用程序命令[^4]。
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