开源项目 qqman 使用教程

开源项目 qqman 使用教程

qqmanAn R package for creating Q-Q and manhattan plots from GWAS results项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qq/qqman

1. 项目的目录结构及介绍

qqman 项目的目录结构如下：

qqman/
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── qqman.R
│   ├── qq.R
│   ├── manhattan.R
│   └── ...
├── README.md
├── data/
│   └── ...
├── inst/
│   └── ...
├── man/
│   └── ...
└── tests/
    └── ...

目录介绍

• DESCRIPTION: 项目描述文件，包含项目的元数据信息。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• NAMESPACE: 项目的命名空间文件，定义了项目的导出和导入规则。
• NEWS.md: 项目更新日志。
• R/: 包含项目的 R 代码文件。
  • qqman.R: 主文件，包含主要的函数和逻辑。
  • qq.R: 用于绘制 QQ 图的函数。
  • manhattan.R: 用于绘制曼哈顿图的函数。
• README.md: 项目说明文件，通常包含项目的基本介绍和使用说明。
• data/: 包含示例数据文件。
• inst/: 包含项目的安装文件和其他资源。
• man/: 包含项目的文档文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

qqman 项目的启动文件是 qqman.R，位于 R/ 目录下。该文件包含了项目的主要函数和逻辑，是整个项目运行的核心。

主要函数

• manhattan(): 用于绘制曼哈顿图。
• qq(): 用于绘制 QQ 图。

3. 项目的配置文件介绍

qqman 项目没有显式的配置文件，其配置主要通过函数参数进行。例如，在调用 manhattan() 和 qq() 函数时，可以通过参数来配置图形的样式和数据源。

示例

library(qqman)

# 绘制曼哈顿图
manhattan(gwasResults)

# 绘制 QQ 图
qq(gwasResults$P)

通过这些函数参数，可以灵活地配置和调整图形的显示效果。

qqmanAn R package for creating Q-Q and manhattan plots from GWAS results项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qq/qqman