教学平台 TeachOpenCADD 的安装与配置指南

教学平台 TeachOpenCADD 的安装与配置指南

teachopencadd TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/te/teachopencadd

1. 项目基础介绍

TeachOpenCADD 是一个面向计算机辅助药物设计（CADD）的教学平台，旨在为用户提供开源包和数据来构建模块化、可重现和可重用的管道。该项目由学生为学生开发，适合具有生物学/化学背景以及计算背景的学生和研究人员使用。项目主要通过 Jupyter Notebook 提供互动式的教学材料，使用 Python 语言编写。

2. 项目使用的关键技术和框架

TeachOpenCADD 使用以下开源编程包：

• RDKit：用于化学信息学的 Python 库。
• PyPDB：提供对 PDB（蛋白质数据银行）文件的访问。
• BioPandas：用于生物信息学的 pandas 扩展。
• NGLView：用于分子可视化的 JavaScript 库的 Python 接口。
• MDAnalysis：用于分子动力学轨迹分析的工具。

项目还包括了基于深度学习的教程，引入了深度学习在 CADD 相关主题中的应用。

3. 项目安装和配置的准备工作与详细步骤

准备工作

• 确保您的计算机上安装了 Python。
• 安装 conda，这是一个开源的包管理器和环境管理器。
• 准备好网络连接，以便下载必要的包和数据。

安装步骤

步骤 1：安装 conda

如果您的系统中没有安装 conda，请访问 Anaconda 的官方网站下载并安装适合您操作系统的 conda。

步骤 2：创建新的 conda 环境

打开命令行工具，创建一个新的 conda 环境：

conda create -n teachopencadd python=3.8

步骤 3：激活 conda 环境

创建环境后，激活它：

conda activate teachopencadd

步骤 4：安装依赖项

在激活的环境中，安装项目所需的依赖项。这可以通过以下命令完成：

conda install -c conda-forge rdkit biopandas nglview mdanalysis

步骤 5：克隆项目仓库

从命令行工具中，克隆 TeachOpenCADD 仓库：

git clone https://github.com/volkamerlab/teachopencadd.git
cd teachopencadd

步骤 6：安装 Jupyter Notebook

在激活的 conda 环境中，安装 Jupyter Notebook：

conda install notebook

步骤 7：启动 Jupyter Notebook

启动 Jupyter Notebook 服务器：

jupyter notebook

现在，您应该能够在浏览器中打开 Jupyter Notebook，并开始浏览和执行 TeachOpenCADD 的教学材料。

请确保遵循项目提供的文档和教程来更好地使用 TeachOpenCADD。

teachopencadd TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/te/teachopencadd