教学平台TeachOpenCADD的安装与配置指南-优快云博客

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教学平台TeachOpenCADD的安装与配置指南

teachopencadd TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/te/teachopencadd

1. 项目基础介绍

TeachOpenCADD是一个面向计算机辅助药物设计（CADD）的教育平台，它使用了开源的软件包和数据。这个平台主要面向对CADD领域感兴趣的学生和研究人员，无论是拥有生物学/化学背景，还是计算背景的用户都可以使用该平台进行学习。TeachOpenCADD通过交互式Jupyter Notebook提供了关于CADD核心主题的教学材料，这些材料既包括理论也包含实践部分。

该项目主要使用的编程语言是Python。

2. 关键技术和框架

TeachOpenCADD使用了一系列开源编程包，这些包专注于化学信息和结构生物信息学。以下是一些主要使用的开源包：

RDKit：用于化学信息的Python库。
PyPDB：用于处理蛋白质数据银行（PDB）文件的Python库。
BioPandas：用于生物数据处理的Pandas扩展。
NGLView：用于分子结构可视化的JavaScript库的Python接口。
MDAnalysis：用于分子动力学轨迹分析的Python库。

3. 安装和配置准备工作

在开始安装TeachOpenCADD之前，请确保您的系统中已经安装了以下软件：

Python（推荐版本3.7及以上）
pip（Python的包管理工具）
conda（Python环境管理工具，可选）

确保您的系统满足以上要求之后，可以按照以下步骤进行安装：

安装步骤

克隆项目

打开命令行窗口，使用以下命令克隆项目仓库：

git clone https://github.com/volkamerlab/teachopencadd.git
cd teachopencadd

安装依赖

在项目目录中，使用以下命令安装所需的Python包：
```
pip install -r requirements.txt
```
如果您使用conda环境，可以运行以下命令创建一个新环境并安装所有依赖：
```
conda create -n teachopencadd python=3.7
conda activate teachopencadd
conda install -c conda-forge --file requirements.txt
```
启动Jupyter Notebook

在项目目录中，运行以下命令来启动Jupyter Notebook服务器：
```
jupyter notebook
```
打开浏览器，通常会在浏览器中自动打开一个新的标签页，地址通常是 http://localhost:8888，如果没有自动打开，可以手动输入地址打开。
浏览教程

在Jupyter Notebook的界面中，导航到teachopencadd/talktorials/目录，您将看到所有可执行的教程Notebook。