LillyMol开源项目安装与配置指南-优快云博客

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/gitblog_00829/article/details/147344403

LillyMol开源项目安装与配置指南

LillyMol LillyMol Public Code 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/li/LillyMol

1. 项目基础介绍

LillyMol 是一个基于 C++ 开发的化学信息学库。这个库不仅包含了用于化学信息学的命令行工具，还致力于提供高效的子结构搜索、反应枚举和化学相似性计算等任务。LillyMol 经过多年发展，主要由 Eli Lilly 公司的计算机和药物化学家推动，支持新分子的构建，并且具有与人工智能驱动分子生成配合的工具。

2. 项目使用的关键技术和框架

C++：项目的主要编程语言，利用 C++ 的高效性和强大的性能处理化学信息学任务。
Bazel：作为主要的构建系统，Bazel 提供了高效的方式来构建和测试代码。
Python：通过 pybind11，LillyMol 提供了 Python 接口，使得可以用 Python 进行分子查询和操作。
Google Test：用于 C++ 单元测试，确保代码质量。
Protocol Buffers：Google 开发的数据交换格式，用于序列化结构化数据。

3. 项目安装和配置的准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

操作系统：RedHat 或 Ubuntu 系统。
编译器：GCC 版本至少为 10，以确保支持最新的 C++ 特性。
依赖：安装 wget、unzip、libz-dev、Python 等必要的系统组件。

安装步骤

克隆仓库：首先，从 GitHub 上克隆 LillyMol 仓库。

git clone https://github.com/EliLillyCo/LillyMol.git
cd /path/to/LillyMol

安装 Bazel：安装 Bazel 或 Bazelisk 以保持构建系统的更新。
```
sudo apt install npm
sudo npm install -g @bazel/bazelisk
```
如果您使用模块系统，可以使用以下命令：
```
module load bazelisk
```
安装 Python 依赖：如果您打算构建 Python 绑定，需要安装 Python 和相关依赖。
```
pip install pybind11 absl-py protobuf
sudo apt install python-dev libblas-dev
```
构建项目：在 LillyMol 的顶层目录下执行 make 命令。
```
make
```
如果需要构建 Python 绑定或 Berkeley DB 依赖，可以使用以下命令：
```
make python
make berkeleydb
```
或者简单地：
```
make all
```
编译和测试：按照仓库中的 Makefile 文件指示，编译完成后，执行测试以验证安装。
配置 Bazel：如果构建 Python 绑定，需要在 WORKSPACE 文件中配置 Bazel 以指向本地 Python。
```
./update_bazel_configs.sh
```
安装目录：在 build_deps/install.bzl 文件中检查安装目录，确保其指向正确。