sgkit 项目教程

sgkit 项目教程

sgkit Scalable genetics toolkit 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sg/sgkit

1. 项目的目录结构及介绍

sgkit 项目的目录结构如下：

sgkit/
├── benchmarks/
├── docs/
├── sgkit/
├── validation/
├── .cirun.yml
├── .coveragerc
├── .gitignore
├── .mergify.yml
├── .pre-commit-config.yaml
├── CONTRIBUTING.md
├── GOVERNANCE.md
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── conftest.py
├── requirements-dev.txt
├── requirements-doc.txt
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py

目录介绍：

• benchmarks/: 包含性能测试相关的文件。
• docs/: 包含项目的文档文件。
• sgkit/: 项目的主要代码文件夹，包含核心功能实现。
• validation/: 包含验证和测试相关的文件。
• .cirun.yml: CI/CD 配置文件。
• .coveragerc: 代码覆盖率配置文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .mergify.yml: 自动合并配置文件。
• .pre-commit-config.yaml: 预提交钩子配置文件。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• GOVERNANCE.md: 项目治理文档。
• LICENSE: 项目许可证。
• MANIFEST.in: 打包清单文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• conftest.py: 测试配置文件。
• requirements-dev.txt: 开发依赖文件。
• requirements-doc.txt: 文档生成依赖文件。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.cfg: 项目配置文件。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

sgkit 项目的启动文件主要是 setup.py 和 conftest.py。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于定义项目的元数据、依赖关系以及安装过程。通过运行 python setup.py install 可以安装项目及其依赖。

conftest.py

conftest.py 是 pytest 测试框架的配置文件，用于定义测试的全局配置和钩子函数。它通常包含测试前的准备工作和测试后的清理工作。

3. 项目的配置文件介绍

sgkit 项目中有多个配置文件，以下是主要配置文件的介绍：

.cirun.yml

.cirun.yml 是 CI/CD 配置文件，用于定义持续集成和持续部署的流程。它通常包含构建、测试和部署的步骤。

.coveragerc

.coveragerc 是代码覆盖率配置文件，用于定义代码覆盖率测试的规则和排除的文件。

.gitignore

.gitignore 是 Git 忽略文件配置，用于指定哪些文件和目录不应该被 Git 跟踪。

.mergify.yml

.mergify.yml 是自动合并配置文件，用于定义自动合并的条件和规则。

.pre-commit-config.yaml

.pre-commit-config.yaml 是预提交钩子配置文件，用于定义在提交代码前执行的检查和格式化操作。

setup.cfg

setup.cfg 是项目配置文件，用于定义项目的各种配置选项，如包的元数据、测试配置等。

requirements-dev.txt

requirements-dev.txt 是开发依赖文件，包含开发过程中需要的额外依赖。

requirements-doc.txt

requirements-doc.txt 是文档生成依赖文件，包含生成文档所需的依赖。

requirements.txt

requirements.txt 是项目依赖文件，包含项目运行所需的依赖。

通过这些配置文件，sgkit 项目能够灵活地进行开发、测试、文档生成和部署。

sgkit Scalable genetics toolkit 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sg/sgkit