epiScanpy 项目使用教程

epiScanpy 项目使用教程

epiScanpy Episcanpy: Epigenomics Single Cell Analysis in Python 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ep/epiScanpy

1. 项目目录结构及介绍

epiScanpy/
├── docs/
│   └── ...
├── episcanpy/
│   ├── __init__.py
│   ├── api/
│   ├── tools/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── .editorconfig
├── .gitignore
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── environment.yml
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
├── umapenhancer_CG_Luoetal.png
└── versioneer.py

目录结构介绍

• docs/: 存放项目的文档文件，通常包含用户手册、API文档等。
• episcanpy/: 项目的主要代码目录，包含核心功能实现。
  • init.py: 初始化文件，用于定义模块的初始化操作。
  • api/: 存放API接口相关的代码。
  • tools/: 存放工具类和辅助功能的代码。
• tests/: 存放项目的测试代码，用于确保代码的正确性和稳定性。
• .editorconfig: 编辑器配置文件，用于统一代码风格。
• .gitignore: Git忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被Git管理。
• LICENSE.txt: 项目的开源许可证文件。
• MANIFEST.in: 用于指定在打包时需要包含的非Python文件。
• README.rst: 项目的介绍文件，通常包含项目的基本信息、安装方法、使用说明等。
• environment.yml: Conda环境配置文件，用于创建项目的运行环境。
• requirements.txt: Python依赖包列表，用于安装项目所需的Python包。
• setup.cfg: 项目配置文件，包含安装和打包的相关配置。
• setup.py: 用于安装项目的Python脚本。
• umapenhancer_CG_Luoetal.png: 项目相关的图片文件。
• versioneer.py: 用于管理项目版本号的工具。

2. 项目启动文件介绍

在 epiScanpy 项目中，没有明确的“启动文件”，因为该项目是一个Python库，通常通过导入模块来使用。不过，如果你需要运行项目的某些功能，可以通过以下方式启动：

import episcanpy as epi

# 使用epiScanpy的功能
epi.api.some_function()

3. 项目的配置文件介绍

environment.yml

environment.yml 是Conda环境配置文件，用于创建和管理项目的运行环境。通过该文件，可以安装项目所需的所有依赖包。

name: episcanpy
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - python=3.8
  - numpy
  - pandas
  - scipy
  - ...

setup.cfg

setup.cfg 是项目的配置文件，包含安装和打包的相关配置。例如：

[metadata]
name = episcanpy
version = 0.3.2
description = Epigenomics Single Cell Analysis in Python
long_description = file: README.rst
...

[options]
packages = find:
install_requires =
    numpy
    pandas
    scipy
    ...

requirements.txt

requirements.txt 是Python依赖包列表，用于安装项目所需的Python包。可以通过以下命令安装依赖：

pip install -r requirements.txt

.editorconfig

.editorconfig 是编辑器配置文件，用于统一代码风格。例如：

root = true

[*]
indent_style = space
indent_size = 4
...

通过以上配置文件，可以确保项目的依赖管理、代码风格和环境配置的一致性。

epiScanpy Episcanpy: Epigenomics Single Cell Analysis in Python 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ep/epiScanpy