AlphaFold 3 开源项目使用教程

AlphaFold 3 开源项目使用教程

alphafold3 AlphaFold 3 inference pipeline. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/alp/alphafold3

1. 项目目录结构及介绍

AlphaFold 3 是一个用于预测生物分子结构的开源项目。以下是项目的目录结构及其简要介绍：

alphafold3/
├── .github/              # GitHub 工作流和模板
├── docker/               # Docker 相关文件
├── docs/                 # 文档资料
├── legal/                # 法律文件和许可证
├── src/                  # 源代码目录
│   └── alphafold3/       # AlphaFold 3 的主要代码
├── CMakeLists.txt        # CMake 构建文件
├── LICENSE               # 许可证文件
├── OUTPUT_TERMS_OF_USE.md # 输出使用条款
├── README.md             # 项目说明文件
├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY.md # 权重禁用政策
├── WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md # 权重使用条款
├── dev-requirements.txt  # 开发环境依赖
├── fetch_databases.sh    # 获取数据库的脚本
├── pyproject.toml        # Python 项目配置文件
├── requirements.txt      # 项目依赖
└── run_alphafold.py      # 运行 AlphaFold 3 的主脚本

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要通过 run_alphafold.py 脚本进行。该脚本负责处理输入的 JSON 文件，运行数据管道和推理过程，并将结果输出到指定目录。

运行 AlphaFold 3 的基本命令如下：

docker run -it \
  --volume $HOME/af_input:/root/af_input \
  --volume $HOME/af_output:/root/af_output \
  --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models \
  --volume <DATABASES_DIR>:/root/public_databases \
  --gpus all \
  alphafold3 \
  python run_alphafold.py \
  --json_path=/root/af_input/fold_input.json \
  --model_dir=/root/models \
  --output_dir=/root/af_output

其中，--json_path 指定了输入文件的路径，--model_dir 指定了模型参数的目录，--output_dir 指定了输出结果的目录。

3. 项目的配置文件介绍

项目中的配置文件主要用于设置项目的运行参数和环境。以下是主要的配置文件及其功能：

• CMakeLists.txt：这是 CMake 的构建配置文件，用于定义项目的编译规则和依赖。
• pyproject.toml：Python 项目的配置文件，定义了项目信息和依赖。
• requirements.txt：项目的 Python 依赖文件，列出了项目运行所需的 Python 包。

此外，还有一些 Markdown 文件，如 README.md，提供了项目的基本信息和如何开始使用项目。而 LICENSE 文件则描述了项目的许可协议。其他 .md 文件包含了关于输出使用条款、权重使用条款和权重禁用政策的详细信息。

alphafold3 AlphaFold 3 inference pipeline. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/alp/alphafold3