METIS 开源项目教程

METIS 开源项目教程

METIS METIS - Serial Graph Partitioning and Fill-reducing Matrix Ordering METIS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/met/METIS

1. 项目介绍

METIS 是一个用于图划分和稀疏矩阵排序的串行程序集合。它由 KarypisLab 开发,主要用于将图和有限元网格进行划分,以及生成稀疏矩阵的填充减少排序。METIS 的核心算法基于实验室开发的多级递归二分、多级 k-way 和多约束划分方案。

METIS 的主要功能包括:

  • 图划分
  • 有限元网格划分
  • 稀疏矩阵填充减少排序

2. 项目快速启动

2.1 下载 METIS

首先,通过 Git 克隆 METIS 项目到本地:

git clone https://github.com/KarypisLab/METIS.git

2.2 构建 METIS

2.2.1 安装依赖

在 Ubuntu 系统中,安装必要的依赖:

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install cmake
2.2.2 下载并安装 GKlib

按照 GKlib 的官方文档下载并安装 GKlib。

2.2.3 配置和构建 METIS

进入 METIS 目录,配置并构建 METIS:

cd METIS
make config shared=1 cc=gcc prefix=~/local
make install

这将配置 METIS 以构建共享库,并将其安装在 ~/local 目录下。

3. 应用案例和最佳实践

3.1 图划分

METIS 广泛应用于图划分问题,特别是在大规模并行计算中。例如,在分布式存储系统中,METIS 可以用于将数据图划分为多个子图,以便在多个节点上并行处理。

3.2 有限元网格划分

在有限元分析中,METIS 可以用于将网格划分为多个子域,以便在并行计算中进行高效的负载均衡。

3.3 稀疏矩阵排序

METIS 还可以用于稀疏矩阵的填充减少排序,这在数值线性代数中非常有用,可以显著提高矩阵运算的效率。

4. 典型生态项目

4.1 ParMETIS

ParMETIS 是 METIS 的并行版本,适用于大规模并行计算环境。它提供了与 METIS 类似的功能,但支持并行处理。

4.2 Scotch

Scotch 是另一个图划分和稀疏矩阵排序工具,与 METIS 类似,但提供了更多的功能和灵活性。

4.3 Zoltan

Zoltan 是一个用于并行计算的负载均衡和数据管理工具,它集成了 METIS 和 ParMETIS,提供了更高级的负载均衡功能。

通过这些生态项目,METIS 可以进一步扩展其功能,满足更复杂的并行计算需求。

METIS METIS - Serial Graph Partitioning and Fill-reducing Matrix Ordering METIS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/met/METIS

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

metis-5.1.0安装包和manual手册 2 What is new in version 5.0 4 2.1 Changes in the command-line programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2.1.1 Migration issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2.2 Changes in the API routines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2.2.1 Migration issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3 Overview of METIS 6 3.1 Partitioning a graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.2 Alternate partitioning objectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3.3 Support for multi-phase and multi-physics computations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3.4 Partitioning a mesh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3.5 Partitioning for heterogeneous parallel computing architectures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3.6 Computing a fill-reducing ordering of a sparse matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.7 Converting a mesh into a graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4 METIS’ stand-alone programs 9 4.1 Input file formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4.1.1 Graph file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4.1.2 Mesh file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 4.1.3 Target partition weights file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.2 Output file formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 4.2.1 Partition file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
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