Readfish 使用指南

Readfish 使用指南

readfish CLI tool for flexible and fast adaptive sampling on ONT sequencers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/re/readfish

一、项目目录结构及介绍

Readfish 是一个旨在实现灵活且快速自适应采样于ONT（Oxford Nanopore Technologies）测序仪上的命令行工具。以下是对项目主要目录结构的解析：

.
├── CITATION.cff               # 引用信息文件，用于正确引用该项目的文献资料。
├── LICENSE                    # 许可证文件，表明了软件使用的权限与限制，基于GPL-3.0。
├── README.md                  # 主要的项目读我文件，包含了重要警告、概述和快速入门信息。
├── gitignore                  # 忽略指定文件或目录的Git配置文件。
├── pre-commit-config.yaml     # 预提交钩子配置，用于代码质量检查。
├── pyproject.toml             # 项目元数据和依赖管理文件，适用于Python项目的现代配置。
├── _static/                   # 可能存放静态资源文件的目录，例如文档网站中的CSS、JS等。
├── src/                       # 核心源代码目录，readfish的主要功能实现所在。
│   └── readfish/              # 包含具体功能模块的子目录。
├── tests/                     # 单元测试和集成测试代码所在目录。
├── CITATION.cff               # 文献引用详细格式文件。
└── ...                        # 其他可能包括环境配置文件、文档等。

项目的核心逻辑主要集中在src/readfish目录下，而配置和环境设定则通过pyproject.toml和其他配置文件进行。

二、项目的启动文件介绍

Readfish作为命令行工具，并没有传统意义上的“启动文件”。而是通过在终端中直接调用readfish命令来执行。安装完成之后，用户可以通过各种子命令来进行操作，如目标性测序(targets)、基于条形码的目标性测序(barcode-targets)、取消所有阻塞(unblock-all)等。启动流程通常由以下几步组成：

• 环境激活（如果是通过Conda创建的环境）
• 执行特定的readfish子命令加上相应的参数和配置文件。

示例启动命令可能会是这样：

conda activate readfish
readfish targets --config your_config_file.toml

三、项目的配置文件介绍

Readfish的配置主要通过TOML格式的文件来指定。这些配置文件定义了诸如目标序列、采样策略等关键信息。虽然具体的配置文件模板没有直接展示，但项目文档中强调了一个名为TOML.md的文件，该文件应该提供了配置TOML文件的详细指导。典型的配置文件可能会包括以下几个关键部分：

• [sampling]：设置采样策略，如阈值、规则等。
• [targets]：列出感兴趣的靶标序列或区域。
• [device]：指定连接的设备信息，例如GridION或MinION的型号。
• [general]：通用设置，比如日志级别、临时文件存储路径等。

配置文件的关键在于理解每个字段的意义并据此调整以符合特定的实验需求。确保阅读项目的TOML.md文档，以获取详细的配置说明和示例。

通过遵循上述指南，你可以有效地配置和运行Readfish项目，以适应ONT测序仪上自适应采样的复杂需求。务必在正式使用前进行充分的测试，以验证配置的有效性和兼容性。

readfish CLI tool for flexible and fast adaptive sampling on ONT sequencers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/re/readfish