ReadFish: 快速适应性采样工具指南

ReadFish: 快速适应性采样工具指南

readfish CLI tool for flexible and fast adaptive sampling on ONT sequencers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/re/readfish

项目介绍

ReadFish 是一款由 LooseLab 开发的命令行界面(CLI)工具，专为ONT（Oxford Nanopore Technologies）测序仪设计，以实现灵活且高效的实时数据采样。本项目利用了Read Until API，允许用户在测序过程中动态选择并控制感兴趣的读取，这对目标基因组区域的高通量纳米孔测序尤其有价值。它要求至少Dorado服务器版本7.3.9和MinKNOW核心版本6.0.0以确保兼容性，并支持多种ONT平台，包括PromethION到MinION等。请注意，不当使用可能影响测序成本和结果，因此仔细阅读文档至关重要。

项目快速启动

要迅速开始使用ReadFish，首先需搭建好适宜的环境。推荐通过Conda管理环境，具体步骤如下：

# 创建并激活名为readfish的环境
conda env create -f readfish_env.yml
conda activate readfish

对于苹果M系列芯片的用户，安装时可能遇到grpcio相关问题，可通过以下方式解决：

pip uninstall grpcio
GRPC_PYTHON_LDFLAGS=" -framework CoreFoundation" pip install grpcio --no-binary :all:

接着，安装ReadFish及其所有依赖项：

pip install readfish[all]

运行基本命令前，请确保了解如何配置.toml文件，具体细节见项目文档中的TOML.md。

应用案例和最佳实践

目标测序

在靶向测序场景中，使用readfish可以通过提供一个特定的TOML配置文件来指导测序仪专注于感兴趣的目标区域。例如，一个癌症研究团队可以利用此功能聚焦于已知的突变热点，高效地获取这些区域的高质量序列数据。

readfish targets --config your_target.toml

生产环境部署

在实际生产环境中，最佳做法是先通过模拟或低风险样本进行充分测试，验证策略的有效性和系统的稳定性，然后再应用于重要实验或临床样本。

典型生态项目

虽然“典型生态项目”通常指的是与项目紧密合作的其他开源软件或服务，对于ReadFish而言，其生态系统围绕Oxford Nanopore测序技术展开。开发者和研究者常将ReadFish与其他分析工具如NanoPlot、GraphMap或Minimap2结合使用，以进行更深入的数据分析。此外，对于高级用户，探索如何将ReadFish集成进自动化管道中，如Snakemake或Nextflow流程，用于批量处理或长期实验监控，也是一种生态应用的实例。

通过参与社区讨论和贡献，用户不仅能获得如何优化ReadFish使用的技巧，还能了解到更多实际应用案例，进一步丰富其在不同科研及工业领域内的生态应用。

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通过上述指导，用户应能够快速上手ReadFish，进而探索其在目标序列捕获和实时数据分析方面的强大潜力。记得在实施之前详细审查文档中的注意事项和最佳实践，以避免不必要的实验失误。

readfish CLI tool for flexible and fast adaptive sampling on ONT sequencers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/re/readfish