matchms项目推荐

matchms项目推荐

matchms Python library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms

Matchms 是一个开源的 Python 库，主要用于处理（串联）质谱数据以及计算光谱相似度。该项目主要使用 Python 编程语言开发。

核心功能

Matchms 提供了多种工具来导入、处理和清洗质谱数据，支持常见的光谱数据格式，如 mzML、mzXML、msp、metabolomics-USI、MGF 和 JSON。其主要功能包括：

• 数据导入：支持从多种文件格式读取质谱数据。
• 数据清洗：提供元数据清洗和验证工具，以及基本的峰过滤功能，确保数据的准确性和完整性。
• 光谱相似度计算：实现多种成对相似度测量，包括常见的余弦相关分数以及基于分子指纹和其他元数据的比较。

最近更新功能

最近更新的功能主要包括：

• Pipeline 类：为了使典型的 matchms 工作流程（数据导入、处理、分数计算）更加易于用户使用，matchms 现在提供了一个 Pipeline 类来处理复杂的工作流程。这还允许用户使用 yaml 文件创建、导入、导出或修改工作流程。

• 稀疏分数数组：Matchms 现在转向使用稀疏处理分数（即：只存储实际计算的非空值），这对于比较大量光谱时，不必存储或计算所有分数的情况非常有用。

这些更新使得 matchms 成为质谱数据处理分析的全面工具，提高了工作效率和灵活性。

matchms Python library for processing (tandem) mass spectrometry data and for computing spectral similarities. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/matchms