rMVP 项目使用教程

rMVP 项目使用教程

rMVP:postbox: A Memory-efficient, Visualization-enhanced, and Parallel-accelerated Tool For Genome-Wide Association Study项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rm/rMVP

1. 项目的目录结构及介绍

rMVP 项目的目录结构如下：

rMVP/
├── data/
├── devscripts/
├── inst/
│   └── extdata/
├── man/
├── results/
├── src/
├── tests/
├── .Rbuildignore
├── .gitignore
├── CHANGELOG
├── DESCRIPTION
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── README.md

目录介绍

• data/: 存放示例数据文件。
• devscripts/: 存放开发脚本。
• inst/extdata/: 存放外部数据。
• man/: 存放帮助文档。
• results/: 存放分析结果。
• src/: 存放源代码。
• tests/: 存放测试脚本。
• .Rbuildignore: 构建时忽略的文件列表。
• .gitignore: Git 忽略的文件列表。
• CHANGELOG: 项目更新日志。
• DESCRIPTION: 项目描述文件。
• Dockerfile: Docker 配置文件。
• LICENSE: 项目许可证。
• NAMESPACE: 命名空间文件。
• README.md: 项目说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

rMVP 项目的启动文件是 DESCRIPTION 文件。这个文件包含了项目的基本信息和依赖关系。

DESCRIPTION 文件内容示例

Package: rMVP
Version: 1.0.8
Date: 2023-01-01
Title: Memory-Efficient Visualize-Enhanced Parallel-Accelerated GWAS Tool
Description: A memory-efficient visualize-enhanced parallel-accelerated Genome-Wide Association Study (GWAS) tool.
Author: Xiaolei Liu [aut, cre], Hyunmin Kang [ctb], Xiang Zhou [ctb]
Maintainer: Xiaolei Liu <xll198708@gmail.com>
License: Apache License 2.0
URL: https://github.com/xiaolei-lab/rMVP
BugReports: https://github.com/xiaolei-lab/rMVP/issues
Encoding: UTF-8
NeedsCompilation: yes
Imports: methods, parallel, stats, utils

3. 项目的配置文件介绍

rMVP 项目的配置文件主要是 DESCRIPTION 文件和 NAMESPACE 文件。

DESCRIPTION 文件

如上所述，DESCRIPTION 文件包含了项目的基本信息和依赖关系。

NAMESPACE 文件

NAMESPACE 文件定义了项目的命名空间和导出的函数。

NAMESPACE 文件内容示例

export(rMVP)
exportClasses(MVPResult)
exportMethods(summary, plot)
import(methods)
importFrom(parallel, mclapply)
importFrom(stats, lm)
importFrom(utils, read.table)

以上是 rMVP 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助。

rMVP:postbox: A Memory-efficient, Visualization-enhanced, and Parallel-accelerated Tool For Genome-Wide Association Study项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rm/rMVP