RXNMapper 项目常见问题解决方案

RXNMapper 项目常见问题解决方案

rxnmapper RXNMapper: Unsupervised attention-guided atom-mapping. Code complementing our Science Advances publication on "Extraction of organic chemistry grammar from unsupervised learning of chemical reactions" (https://advances.sciencemag.org/content/7/15/eabe4166). 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rx/rxnmapper

1. 项目基础介绍和主要编程语言

RXNMapper 是一个开源项目，专注于化学反应的自动原子映射。该项目通过无监督学习的方法，从大量化学反应数据中提取有机化学的语法规则，并使用注意力机制来指导原子映射。RXNMapper 的主要编程语言是 Python，依赖于 RDKit 等化学信息学库。

2. 新手在使用项目时需要特别注意的3个问题及解决步骤

问题1：安装过程中 RDKit 依赖未自动安装

问题描述：
在安装 RXNMapper 时，RDKit 依赖未自动安装，导致项目无法正常运行。

解决步骤：

1. 确保已创建并激活 Conda 环境：

   conda create -n rxnmapper python=3.6 -y
   conda activate rxnmapper
   

2. 安装 RDKit 依赖：

   pip install "rxnmapper[rdkit]"
   

   或者通过 Conda 安装：

   conda install -c conda-forge rdkit
   

问题2：运行时出现 ModuleNotFoundError

问题描述：
在运行 RXNMapper 时，出现 ModuleNotFoundError，提示找不到某些模块。

解决步骤：

1. 确保所有依赖项已正确安装：

   pip install -r requirements.txt
   

2. 检查 Python 环境是否正确激活：

   conda activate rxnmapper
   

3. 如果问题仍然存在，尝试重新安装 RXNMapper：

   pip install --upgrade rxnmapper
   

问题3：输入的化学反应 SMILES 格式不正确

问题描述：
输入的化学反应 SMILES 格式不正确，导致 RXNMapper 无法解析。

解决步骤：

1. 确保输入的化学反应 SMILES 格式符合标准，例如：

   rxns = ['CC(C)S.CN(C)C=O.Fc1cccnc1F.O=C([O-])[O-].[K+].[K+]>>CC(C)Sc1ncccc1F',
           'C1COCCO1.CC(C)(C)OC(=O)CONC(=O)NCc1cccc2ccccc12.Cl>>O=C(O)CONC(=O)NCc1cccc2ccccc12']
   

2. 使用化学信息学工具（如 RDKit）验证 SMILES 格式的正确性：

   from rdkit import Chem
   Chem.MolFromSmiles('CC(C)S')  # 确保每个 SMILES 都能正确解析
   

3. 如果 SMILES 格式正确但仍无法解析，检查 RXNMapper 版本是否最新：

   pip install --upgrade rxnmapper
   

通过以上步骤，新手用户可以更好地理解和使用 RXNMapper 项目，解决常见问题。

rxnmapper RXNMapper: Unsupervised attention-guided atom-mapping. Code complementing our Science Advances publication on "Extraction of organic chemistry grammar from unsupervised learning of chemical reactions" (https://advances.sciencemag.org/content/7/15/eabe4166). 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rx/rxnmapper