py2cytoscape 项目教程

py2cytoscape 项目教程

py2cytoscape Python utilities for Cytoscape and Cytoscape.js 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py2cytoscape

1. 项目的目录结构及介绍

py2cytoscape/
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── py2cytoscape/
│   ├── __init__.py
│   ├── cyrest.py
│   ├── cyclient.py
│   ├── data/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── cysignals/
│   │   └── ...
│   ├── util/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── ...
│   └── ...
├── setup.py
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_cyrest.py
    └── ...

• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• MANIFEST.in: 用于指定在打包时需要包含的非Python文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• py2cytoscape/: 项目的主要代码目录。
  • __init__.py: 使该目录成为一个Python包。
  • cyrest.py: 包含与Cytoscape REST API交互的代码。
  • cyclient.py: 提供与Cytoscape客户端交互的接口。
  • data/: 包含项目所需的数据文件。
  • util/: 包含项目的工具函数和辅助代码。
• setup.py: 用于安装和分发项目的脚本。
• tests/: 包含项目的测试代码。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 setup.py，它是一个标准的Python安装脚本。通过运行 python setup.py install，可以安装 py2cytoscape 包。该文件定义了项目的元数据、依赖关系以及如何构建和安装项目。

3. 项目的配置文件介绍

py2cytoscape 项目没有显式的配置文件，但可以通过环境变量或命令行参数来配置与Cytoscape的交互。例如，可以通过设置 CYTOSCAPE_HOST 和 CYTOSCAPE_PORT 环境变量来指定Cytoscape服务器的地址和端口。

py2cytoscape Python utilities for Cytoscape and Cytoscape.js 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py2cytoscape