掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

最新推荐文章于 2025-06-04 09:02:18 发布
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本文介绍了如何使用Python脚本自动化整理数据，以便轻松导入Cytoscape进行网络可视化。针对蛋白互作网络等生物信息学数据，通过实例展示了如何将复杂数据转换为Cytoscape所需的格式，避免了手动操作的繁琐。同时，文章提供了安装Python、设置环境变量的指导，以及具体的代码实现和拓展思路。

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今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。

掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

 

具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示，miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化，是一个生信分析不可或缺的神器。但是当要处理的数据比较多，并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候，会不会整理到眼花？不知道你们会不会，反正小编每次都整理得想吐血~~~

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上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的结果教程中，Cytoscape导入的文本内容大致有图中的那几列，

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将基因富集后，我们打开的原始文件一般如下图

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为了举例说明，我们仅选取了一个性质，通过分列将gene里的gene分散到各个单元格里，形成下图。

掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

 

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具体问题是：将图1中source，性质和target三类数据转化为图2里的具有一对一关系样式，原本的解决方法是利用excel的复制横纵转化粘贴，之后可能还有重新整合起来，太过繁琐。

不懂编程的医学狗，还幻想用excel的函数，妄想解决上述问题，多次尝试还是失败。最后依靠大神大腿，学了用python来解决上述问题。下

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