SnapATAC：单细胞ATAC-seq数据分析工具

SnapATAC：单细胞ATAC-seq数据分析工具

SnapATAC Analysis Pipeline for Single Cell ATAC-seq 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sn/SnapATAC

1. 项目基础介绍

SnapATAC（Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq）是一个用于分析单细胞ATAC-seq数据集的工具。该工具以高效、准确和全面为特点，旨在帮助研究人员探索单细胞水平的表观遗传学信息。项目主要使用R语言开发，同时也包含了Python模块SnapTools，用于数据预处理。

2. 核心功能

SnapATAC的核心功能包括：

• 聚类分析：通过Leiden算法实现单细胞水平的聚类。
• 注释：对聚类后的细胞进行注释，帮助用户理解不同细胞类型的特征。
• 维度降低：采用新的维度降低方法，帮助用户更好地可视化高维数据。
• ** motifs分析**：利用chromVAR工具进行motifs分析，探索调控元件与目标基因之间的关联。
• 批次效应校正：支持批次效应的校正，确保数据分析的准确性。

3. 项目最近更新的功能

最近更新的功能包括：

• 将远端元件与潜在目标基因关联：通过新的分析方法，帮助用户揭示远端调控元件与目标基因之间的关联。
• 整合scRNA和scATAC数据：支持将单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq数据结合起来，提供更全面的数据分析视角。
• Leiden算法聚类：引入Leiden算法进行聚类分析，提高聚类的准确性和稳定性。
• 支持批量效应校正：更新后的SnapATAC可以更好地处理批次效应，提高分析结果的可靠性。

SnapATAC Analysis Pipeline for Single Cell ATAC-seq 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sn/SnapATAC