MutScan 项目教程

MutScan 项目教程

MutScanDetect and visualize target mutations by scanning FastQ files directly项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mu/MutScan

1. 项目目录结构及介绍

MutScan/
├── Makefile
├── README.md
├── bin/
│   └── mutscan
├── docs/
│   └── ...
├── examples/
│   └── ...
├── src/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
└── ...

• Makefile: 用于编译和安装项目的Makefile文件。
• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• bin/: 存放编译后的可执行文件 mutscan。
• docs/: 存放项目的文档文件。
• examples/: 存放示例数据和配置文件。
• src/: 存放项目的源代码。
• tests/: 存放测试脚本和测试数据。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 bin/mutscan，这是一个编译后的可执行文件。用户可以通过命令行直接运行该文件来启动MutScan工具。

./bin/mutscan -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz -m target.vcf -r hg19.fa

3. 项目配置文件介绍

MutScan的配置主要通过命令行参数进行。以下是一些常用的配置参数：

• -1 R1.fq.gz: 指定第一个FastQ文件。
• -2 R2.fq.gz: 指定第二个FastQ文件。
• -m target.vcf: 指定目标突变的VCF文件。
• -r hg19.fa: 指定参考基因组的FASTA文件。

用户可以根据需要调整这些参数来配置MutScan的运行。

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以上是MutScan项目的基本教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用MutScan工具。

MutScanDetect and visualize target mutations by scanning FastQ files directly项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mu/MutScan