Minimap 项目教程

Minimap 项目教程

minimap This repo is DEPRECATED. Please use minimap2, the successor of minimap. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/minim/minimap

1. 项目的目录结构及介绍

Minimap 项目的目录结构如下：

minimap/
├── bseq.c
├── bseq.h
├── example.c
├── index.c
├── kdq.h
├── khash.h
├── kseq.h
├── ksort.h
├── kthread.c
├── kvec.h
├── main.c
├── map.c
├── minimap.1
├── minimap.h
├── misc.c
├── sdust.c
├── sdust.h
├── sketch.c
├── Makefile
├── README.md
└── LICENSE.txt

目录结构介绍

• bseq.c 和 bseq.h: 处理序列数据的文件。
• example.c: 示例代码文件。
• index.c: 索引构建相关的代码文件。
• kdq.h, khash.h, kseq.h, ksort.h, kvec.h: 数据结构和算法相关的头文件。
• kthread.c: 多线程处理相关的代码文件。
• main.c: 主程序文件。
• map.c: 映射相关的代码文件。
• minimap.1: 命令行工具的 man 页面文件。
• minimap.h: Minimap 的头文件。
• misc.c: 杂项功能的代码文件。
• sdust.c 和 sdust.h: 去噪相关的代码文件。
• sketch.c: 草图构建相关的代码文件。
• Makefile: 编译项目的 Makefile 文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明的 Markdown 文件。
• LICENSE.txt: 项目的许可证文件。

2. 项目的启动文件介绍

Minimap 项目的启动文件是 main.c。这个文件包含了程序的入口点 main 函数，负责解析命令行参数并调用相应的功能模块来执行任务。

main.c 文件介绍

• main 函数：程序的入口点，负责初始化并调用其他模块的功能。
• 命令行参数解析：使用 getopt 或其他工具解析用户输入的命令行参数。
• 功能调用：根据解析的参数调用相应的功能模块，如索引构建、映射等。

3. 项目的配置文件介绍

Minimap 项目没有传统的配置文件，其配置主要通过命令行参数进行。用户可以通过命令行参数来指定不同的选项和参数，以满足不同的需求。

常用命令行参数

• -d target.mmi: 构建目标序列的索引文件。
• -l target.mmi: 使用预构建的索引文件进行映射。
• -S: 映射序列时排除对角线匹配。
• -w: 设置最小化窗口大小。
• -k: 设置最小化器的长度。

通过这些命令行参数，用户可以灵活地配置 Minimap 的行为，以适应不同的应用场景。

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以上是 Minimap 项目的教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些内容能帮助你更好地理解和使用 Minimap 项目。

minimap This repo is DEPRECATED. Please use minimap2, the successor of minimap. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/minim/minimap