探索神经科学的视觉奇观：BrainRender 项目推荐

探索神经科学的视觉奇观：BrainRender 项目推荐

brainrender a python based software for visualization of neuroanatomical and morphological data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainrender

项目介绍

BrainRender 是一个用户友好的 Python 库，旨在创建高质量的 3D 神经解剖学渲染图。它结合了公开可用的脑图谱数据与用户生成的实验数据，为神经科学研究提供了一个强大的可视化工具。BrainRender 是 BrainGlobe 倡议的一部分，该倡议致力于开发一系列基于 Python 的软件工具，用于计算神经解剖学研究。

项目技术分析

BrainRender 的核心技术在于其能够无缝集成多种数据源，包括公开的脑图谱和用户自定义的实验数据。通过使用 Python 语言，BrainRender 提供了丰富的 API，使得用户可以轻松地创建复杂的 3D 渲染图。其底层依赖于强大的计算几何和图形渲染技术，确保了渲染结果的高质量和真实感。

项目及技术应用场景

BrainRender 的应用场景非常广泛，特别适合以下领域：

• 神经科学研究：研究人员可以使用 BrainRender 来可视化脑区的结构和功能，帮助理解神经网络的复杂性。
• 教育与培训：教育工作者可以利用 BrainRender 创建互动的 3D 模型，帮助学生更好地理解神经解剖学。
• 临床应用：医生和临床研究人员可以使用 BrainRender 来可视化患者的脑部数据，辅助诊断和治疗规划。

项目特点

• 用户友好：BrainRender 提供了简单易用的 API，即使是非专业用户也能快速上手。
• 高质量渲染：项目采用了先进的渲染技术，确保生成的 3D 图像具有高度的真实感和细节。
• 数据集成：支持多种数据源的集成，包括公开的脑图谱和用户自定义的实验数据。
• 开源社区：BrainRender 是一个开源项目，拥有活跃的社区支持和持续的更新维护。

快速开始

以下是一个简单的示例代码，展示了如何使用 BrainRender 创建一个包含随机分布细胞的 3D 渲染图：

import random
import numpy as np
from brainrender import Scene
from brainrender.actors import Points

def get_n_random_points_in_region(region, N):
    region_bounds = region.mesh.bounds()
    X = np.random.randint(region_bounds[0], region_bounds[1], size=10000)
    Y = np.random.randint(region_bounds[2], region_bounds[3], size=10000)
    Z = np.random.randint(region_bounds[4], region_bounds[5], size=10000)
    pts = [[x, y, z] for x, y, z in zip(X, Y, Z)]
    ipts = region.mesh.inside_points(pts).coordinates
    return np.vstack(random.choices(ipts, k=N))

scene = Scene(atlas_name="allen_mouse_25um", title="Cells in primary visual cortex")
primary_visual = scene.add_brain_region("VISp", alpha=0.2)
coordinates = get_n_random_points_in_region(primary_visual, 2000)
cells = Points(coordinates)
scene.add(cells)
scene.add_label(primary_visual, "Primary visual cortex")
scene.render()

获取帮助与贡献

BrainRender 团队始终欢迎用户的反馈和贡献。如果您在使用过程中遇到任何问题，或者有兴趣为项目做出贡献，请访问 BrainGlobe 网站的联系页面 获取更多信息。

引用 BrainRender

如果您在科学工作中使用了 BrainRender，请引用以下文献：

@article{Claudi2021,
author = {Claudi, Federico and Tyson, Adam L. and Petrucco, Luigi and Margrie, Troy W. and Portugues, Ruben and Branco, Tiago},
doi = {10.7554/eLife.65751},
issn = {2050084X},
journal = {eLife},
pages = {1--16},
pmid = {33739286},
title = {{Visualizing anatomically registered data with brainrender}},
volume = {10},
year = {2021}
}

BrainRender 是一个强大的工具，能够帮助您在神经科学领域取得突破性的进展。立即开始使用 BrainRender，探索神经科学的视觉奇观吧！

brainrender a python based software for visualization of neuroanatomical and morphological data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainrender