perl从文件中读取数据，然后输出，附一个蛋白质序列的读取

最新推荐文章于 2022-05-22 23:50:04 发布

morningCV

最新推荐文章于 2022-05-22 23:50:04 发布

阅读量2.6k

点赞数 2

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏： perl 编程经验文章标签： perl file

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/g_r_c/article/details/8006821

编程经验同时被 2 个专栏收录

108 篇文章

订阅专栏

perl

101 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一个使用Perl语言读取文件的基本示例，并展示了如何打开一个文本文件、读取其内容并打印出来。该程序适用于初学者了解Perl中文件操作的基础用法。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

window下读取某个文件，他的格式是：

open (filehand,"路径e.g：d:\\data.txt");

然后将打开的内容赋值给一个变量：

e.g:
$protein=<filehand>;

下面是一个读取蛋白质序列的程序：

open (PROTEINFILE,"f:\\perl\\data.txt")||die("can not open the file!");
$protein =<PROTEINFILE>;
close PROTEINFILE;
print $protein;

结果如下：

F:\>perl\a.pl
MNIDDKLEGLFLKCGGIDEMQSSRTMVVMGGVSGQSTVSGELQDSVLQDRSMPHQEILAADEVLQESEMRQQDMISHDEL
MVHEETVKNDEEQMETHERLPQGLQYALNVPISVKQEITFTDVSEQLMRDKKQIR

F:\>

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

morningCV

关注关注

2
点赞
踩
6

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

专栏目录

22、Perl 数据持久化与序列化技术详解

p5l2m9n4o6q的博客

07-09

本文详细介绍了 Perl 编程中数据持久化与序列化的常用技术，包括 unpack 函数、Data::Dumper 模块、YAML 和 Storable 模块的使用方法，并通过具体代码示例展示了它们在实际开发中的应用。同时对不同模块进行了对比分析，帮助开发者根据需求选择合适的数据处理方式。

【学习笔记】山东大学生物信息学——Perl 语言基础入门+高级

abdslfwoeugp

06-13

2971

生物信息学——Perl 语言基础入门+高级

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

perl代码实现DNA翻译蛋白序列

ncyujijian的博客

07-21

1301

#!/usr/bin/perl ##本代码用于逐条翻译fasta序列至蛋白序列，指定了起始密码子和终止密码子 use strict; use warnings; my %hash; my $id; my $seq; open FA,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!"; while (<FA>) { chomp; if (/^>(\S+)/) { $id = $1; }else{ $seq = $_; $hash{$id}

perl 从文件里读出变量无法使用解决办法

weixin_34044273的博客

01-08

555

最近在写一个perl函数，把test case 放到配置文件里，读出来然后使用system运行。我的本意是：配置文件conf ping -c $count $ip #在主程序中定义$ip和$count 从配置文件中拿出这句ping -c $count $ip 将其在system中执行，其中事先定义好$count=10 $ip="192.168....

Perl读取文件信息

Larry Chow

05-22

3678

use Cwd; my $dir=getcwd; print "$dir\n"; print "hello\n"; open(IN,"<../Makefile") or print "$!"; my $count=0; while(<IN>) { $count+=1; $line=$_; print "$line"; } print "\n一共有 $count 行!"; close IN; 逐行解析首先我们需要使用Cwd模块。定义变量dir，用于存储当.

perl 选择特定行输出

MAYker_的博客

03-02

625

perl 提取指定行内容？ - xx ch的回答 - 知乎 https://www.zhihu.com/question/53864873/answer/136949253 open PRO,"d:/1.tsv"; @pro =<PRO>; close PRO; print"$pro[158]\n"; tips:<>会让光标移到最后，利用下面代码将光标移动到文件最前端 seek($FH1,0,0); ...

Perl教学第五篇文件读写

Hank_Huang的专栏

06-16

2956

一、打开、关闭文件语法为open (filevar, filename)，其中filevar为文件句柄，或者说是程序中用来代表某文件的代号，filename为文件名，其路径可为相对路径，亦可为绝对路径。open(FILE1,"file1");open(FILE1, "/u/jqpublic/file1");打开文件时必须决定访问模式，在Perl中有三种访问模式：读、写和添加。后两种模式的区别在于

Gentein核心在DNA至蛋白质序列转换中的Perl应用

标题和描述中提到的知识点，即“Gentein核心：DNA到蛋白质序列perl应用”，涉及生物信息学领域中使用Perl语言进行从DNA序列到蛋白质序列的转换和分析。Gentein这个词可能是一个误拼或者是某个特定应用或库的名称。...

ActivePerl在obj2opengl中读取obj文件的应用

描述中提到的是一个具体的应用场景，即使用ActivePerl来读取.obj文件。.obj文件是一种常见的3D模型文件格式，它存储了几何数据和纹理坐标等信息，通常用于3D建模和游戏开发。与.obj文件相关的工具之一是obj2opengl，...

partie：PARTIE是一个程序，用于将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集。用户提供的数据集注释不可信，因此PARTIE允许自动分离数据

02-17

PARTIE是将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集的程序。用户提供的数据集注释不可信，因此PARTIE允许自动分离数据。 PARTIE对数据进行子采样，测量与序列相关的几个不同参数，并使用...

Perl6中的Avro数据序列化与处理

Avro库提供了一系列的接口来处理数据的编码和解码，允许Perl6程序轻松地在内存中创建数据结构，然后序列化它们为Avro格式，并在需要的时候将这些Avro格式的数据读取回内存结构。 #### Perl6的Avro库 Perl6可能拥有...

perl文件读取之心得

红羊家园

06-08

6794

在perl中用到的读文件一般有两种方法:1.先把整个文件download到一个数组里面然后对数组进行遍历操作。如:open (IN,"alignresult.txt") ||(die "can not open the file input.txt/n$!");my @all = ;foreach $line(@all){process $line;}或者foreach $line(){...}语

脚本入门（2）-perl脚本

qq_34849963的博客

11-12

2885

一、注释 =pod 这里的是注释 =cut 二、chomp 去掉换行符（\n）去掉$/ chomp($text=<STDIN>);#读入，但不含换行符三、<STDIN> $line = <STDIN>; #一次读一行，性能好。 <STDIN>会带有换行符，通常都会加上chomp()操作符去掉换行符，四、钻石尖括号<> 使用两个尖括号表示读取来自文件的输入，可以从命令行中传递文件到<>。 $ ./...

根据序列ID提取fasta序列

热门推荐

周欣的博客

06-15

2万+

根据序列ID快速抽提fasta序列在进行完序列比对以及，在微生物多样性分析中经常要根据物种信息抽提特定ID的fasta格式的序列文件。传统方法大家肯定是一个个ID去查找，复制，粘贴。这种方法虽然很精确但是效率实在是太低了。如果能用几行命令解决不仅简单高效，而且还能一劳永逸，妈妈再也不用担心我花几天时间在查找序列上了。下面就正式教大家，怎么把两个文件名字不一样的文件中特定想要的序列文件一一匹配并提取...

perl应用：DNA序列翻译（下）：从fasta格式中读取序列，然后输出蛋白质序列，以及fasta格式的介绍

GRC

10-23

1万+

use strict; use warnings; my $dna =''; my $protein =''; my @file_data=( ); my @filedata; @filedata = get_file_data(); $dna = extract_sequence_from_fasta_data(@filedat

perl读取文件、输出到文件的方法

hs6605015的博客

08-11

5105

本文介绍perl如何读取文件，存入哈希，调用哈希，存入文件： #! /usr/bin/perl use strict; use warnings; if(@ARGV!=2){ print "\tUsage: perl $0 <infile>\n"; die "\tUse with correct infile"; } ##读入文件$ARGV[0]存入哈希 #open IN, "<$ARGV[0]"; #open IN, "<","$ARGV[0

Perl读取文件的两种常用方式

kongjunlongaa的博客

05-05

2万+

Perl读取文件的两种常用方式转载▼ 整体读入，逐行处理 open(FILE," @linelist=; foreach $eachline(@linelist){ print $eachline; } close FILE; 逐行读入，边读边处理 open(FILE," while (){ print; } close FILE;

perl实现根据序列ID从提取fasta文件序列

little^raccoon

11-12

3395

usage: perl thisScript.pl query.fa gene.lst outfile -------------------------------------------------------------------- query.fa 基因组或其他需要从中提取的fasta格式文件 gene.lst 需要提取的基因或染色体名字，有无>均可 outfile 输出文件 #!/bin/perl #unless(@ARGV==3){ # die "usage: $0 <inpu.