Seek & Blastn——检测癌症研究错误的新工具

论文撤稿事件最近很频繁，并且很大比例的撤稿都来自中国的研究者。这对于作者本人、其单位、其合作机构甚至整个国家都是很大的负面影响。国内外研究基金、知名期刊以及潜在合作单位可能都会对中国研究者报以怀疑的态度。为什么呢？原因之一是所使用数据库的信息不准确！

下面我们介绍一下Seek & Blastn这个新工具，以及它是如何检测出错误的核苷酸序列的。

Seek & Blastn 由 Jennifer Byrne 和 Cyril Labbé共同研发。Byrne 是澳大利亚悉尼Westmead儿童医院的癌症研究员，Labbé是法国格勒诺布尔阿尔卑斯大学（University of Grenoble Alpes）的计算机科学家。他们之前公布了Seek & Blastn的早期版本，现在想要让其他研究者一起来帮忙测试并改进这个工具。他们计划把这个工具提供给期刊编辑们，帮助他们检测研究文章中基因序列中的错误，就像检测抄袭一样。

在2016年的Scientometrics研究报告中，Byrne 和 Labbé声称有48篇有问题的论文，其中有30篇错误地使用了核苷酸片段，这些都是中国作者写的！除了5篇2015年发表的论文，他们没有公开指出其他有问题的论文，但私下联系了期刊的编辑，很多编辑也没有回应，但还是有3篇文章撤稿了。总共，他们用Seek＆Blastn找出了90多篇存在基因序列错误的论文。

如何使用Seek & Blastn这个工具呢？Seek & Blastn这个软件从网站的文章中提取核苷酸序列，并将其与核苷酸的公共数据库（核苷酸基本局部比对搜索工具（Blastn））进行交叉核对。早在2015年，Byrne在5篇癌症研究的论文中发现，作者们使用了错误的核苷酸序列来进行他们的实验。之后，她又在另外25篇文章中发现类似的错误。因此，Byrne和 Labbé开发了Seek & Blastn来发现更多文章中的错误。

目前，Seek & Blastn正处于测试阶段，因此可能会产生假阳性和假阴性结果。Seek & Blastn可以在人类基因组和转录数据库中搜索查询核苷酸序列。论文作者和期刊编辑应该再采取进一步行动（如联系作者或期刊编辑）或使用PubPeer和社交媒体发表文章之前，在此搜索核对。据Byrne 和 Labbé报道，癌症研究期刊CorpusP 全部48份研究和CorpusU 的154份（73％）研究中的111份使用了在Seek & Blastn。Seek & Blastn的应用确定了CorpusP48个研究中的38个（79％），似乎错误地使用了核苷酸序列试剂。据分析预测，在154项CorpusU研究中可能有30项（19％）错误地使用了核苷酸序列试剂。
最后，您认为还有什么科研问题是可以通过开发工具解决的呢？