blastn 输出结果每列啥意思_blastn的用法

最新推荐文章于 2024-06-18 12:53:42 发布

理论编码带师

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文章标签： blastn 输出结果每列啥意思

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本文详细介绍如何使用BlastN工具进行序列比对，包括设置输入输出文件、选择合适的参数如word_size和evalue等，并提供了具体的命令示例。特别针对ChIP-reads/input-reads ratio计算进行了参数优化。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1. 以input的reads为query，contigs(fa格式，包含在Clustering的输出文件中)为database.

2. blastn使用参数如下：

-db 数据库文件名前缀

-query

-out 输出文件名

-outfmt

-num_threads

-evalue

-num_alignments

-word_size

-dust

-gapopen

-gapextend

-penalty

-reward

3. 进行blastn之前先执行makeblastdb，参数说明如下：

-in 后接输入文件，你要格式化的fasta序列

-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白

-title 给数据库起个名，好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数)

-parse_seqids 推荐加上，现在有啥原因还没搞清楚

-out 后接数据库名，自己起一个有意义的名字，以后blast+搜索时要用到的-db的参数

/public/home/ztchen/bio_soft/ncbi-blast-2.10.0+/bin/makeblastdb -in contigs.fasta -input_type fasta -dbtype nucl -title CL -out CL_db #contigs.fasta即为数据库，CL为数据库名，CL_db为以后blast+搜索时要用到的-db的参数，可以自己起一个有意义的名字

/public/home/ztchen/bio_soft/ncbi-blast-2.10.0+/bin/blastn -db $CL_db -query $input_paired.fa -out input_blastn.out -outfmt 6 -num_threads 20 -evalue 1e-8 -num_alignments 1 -word_size 9 -dust no -gapopen 5 -gapextend 2 -penalty -3 -reward 2 #此处参数适用于计算ChIP-reads/input-reads ratio, input_paired.fa文件要求forward和reverse交错排列，可以通过RepeatExplorer处理