DNA序列

一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例（定义为GC-Ratio）是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。

给定一个很长的DNA序列，以及要求的最小子序列长度，研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。

输入：输入一个string型基因序列，和int型子串的长度。
输出：找出GC比例最高的子串,如果有多个输出第一个的子串。

输入示例：

AACTGTGCACGACCTGA
5

输出示例：

GCACG

代码：

import java.util.Scanner;

/**
 * Created with InteIIiJ IDEA.
 * Description:
 * User:
 * Date:2019-07-20
 * Time:16:45
 */
public class TestDemo2 {
    public static void function(String str, int n) {
        int max = 0;
        int beginIndex = 0;//用来储存所求子序列的开始下标
        for (int i = 0; i <= str.length() - n; i++) {
            int count = 0;
            for (int j = i; j < i + n; j++) {
                if (str.charAt(j) == 'G' || str.charAt(j) == 'C') {
                    count++;
                }
                //寻找最大GC-Ratio的子序列并且存储开始下标
                if (count > max) {
                    beginIndex = i;
                    max = count;
                }
            }

        }
        System.out.println(str.substring(beginIndex, beginIndex + n));
    }

    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        String str = scanner.nextLine();
        int n = scanner.nextInt();
        function(str,n);
/*      String str = "AACTGTGCACGACCTGA";
        int n = 5;
        function(str, n);*/
    }
}