本文介绍了基因序列组装的基本步骤，包括交叠、排列和共有三个阶段。重点讲述了如何通过改进的动态规划算法解决交叠问题，并利用过滤方法排除不匹配的序列。此外，还探讨了如何确定片段的真实交叠及解决片段装配问题。
一、步骤
交叠-查找潜在的交叠片段
排列-查明片段的顺序
共有-从排列中导出DN段
二、具体：
交叠问题：查找一个序列的后缀和另一个序列的最好的匹配。但由于测序误差问题，在序列联配中使用修改的动态规划算法。由于误差较小，可采取过滤方法,过滤掉成对的不共享一个显著的公共子串的片段。
排列问题：确定2个片段是否是真的交叠的，还是来自一个重复体的2个不同的拷贝。
片段装配问题：校正序列读出片段的误差
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