DNA片段装配算法

最新推荐文章于 2022-06-12 10:54:04 发布
原创 最新推荐文章于 2022-06-12 10:54:04 发布 · 476 阅读 · 0 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#算法

本文详细介绍了基因组组装过程中的关键技术步骤，包括交叠-查找潜在的交叠片段、排列-确定片段顺序以及片段装配问题-校正序列读出片段的误差等。针对交叠问题，文中提及使用了修改后的动态规划算法来处理测序误差。

一、步骤

交叠-查找潜在的交叠片段

排列-查明片段的顺序

共有-从排列中导出DNA片段

二、具体：

交叠问题：查找一个序列的后缀和另一个序列的最好的匹配。但由于测序误差问题，在序列联配中使用修改的动态规划算法。由于误差较小，可采取过滤方法,过滤掉成对的不共享一个显著的公共子串的片段。

排列问题：确定2个片段是否是真的交叠的，还是来自一个重复体的2个不同的拷贝。

片段装配问题：校正序列读出片段的误差

基于深度强化学习的动态装配算法
罗伯特技术屋
02-22 721
机器人控制技术的发展使机器人可以完成多种精密装配任务[在这些装配任务中，作业平台和机器人底座之间的相对位置固定，机器人在柔顺装配方法的基础上，根据接触力的不同取值，做出不同动作。但当作业平台位于柔索之上时，机器人与作业平台之间会形成紧密的动力学刚柔耦合关系。柔索的位置会因受到机器人的挤压而产生复杂的动态变化，位置的动态变化又会反过来造成接触力具有瞬时变化的动态噪声，进而大大影响装配动作的柔顺性。我们将这类装配平台不固定，且位置受机器人运动影响的装配任务定义为动态装配任务，柔索装配环境是其中的典型应用场景。
基于pycatia的CATIA层级式BOM生成器开发全解析
最新发布
KE17RS的博客
04-07 1434
基于pycatia的CATIA层级式BOM生成器开发全解析
DNA序列组装（贪婪算法）
weixin_30458043的博客
12-04 1237
生物信息学原理作业第四弹：DNA序列组装（贪婪算法） 原理：生物信息学（孙啸） 大致思想： 　　　　　　1. 找到权值最大的边； 　　　　　　2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边； 　　　　　　3. 除去以最大权值边为终点为终点的边； 　　　　　　4. 重复上述步骤，得到所有符合条件的边； 　　　　　　5. 拼接得到的边； 　　　　　　6. 加入孤立点（如果有）。 附上...
装配线问题 C语言 算法
qq_41864867的博客
03-26 694
问题描述： 装配线问题 Description 有两条装配线，编号分别为1和2。每一条装配线上有个n装配点，将第i条线上的第个j装配点记为S_{i,j}Si,j​，设在装配点S_{i,j}Si,j​的装配时间为A_{i,j}Ai,j​。假设要装配一辆汽车，将汽车底盘从进厂点送入第i号装配线，需要时间E_{i}Ei​。在装配点S_{i,j}Si,j​装配后，如果汽车传送到同一号装配线的装...
动态规划--装配线调度算法
weixin_30906185的博客
12-17 267
一、问题描述 　　某个汽车工厂共有两条装配线,每条有 n 个装配站。装配线 i 的第 j个装配站表示为 Si,j ,在该站的装配时间为 ai,j 。一个汽车底盘进入工厂,然后进入装配线 i(i 为 1 或 2),花费时间为 ei 。在通过一条线的第 j 个装配站后,这个底盘来到任一条装配线的第(j+1)个装配站。如果它留在相同的装配线,则没有移动开销。但是,如果它移动到另一条线上,则花...
错排问题Dn = (n - 1) * (Dn-1 + Dn-2)
敲敲敲
06-12 1587
错排问题
数值乘法的DNA计算模型：一种并行自装配算法
乘法库是指用于编码和处理数字的DNA分子集合，乘法分子则是参与乘法运算的DNA片段，而进位值的处理是乘法算法中的关键环节，尤其是在并行计算环境中。 这篇论文对DNA计算在数值乘法中的应用进行了深入探讨，提出了...
DNA测序算法实践课程的ads1-notebooks
2. 基因组装配（Genome Assembly）：基因组装配是指将大量短的DNA片段（即reads）组合成完整的、连续的基因组序列的过程。这个过程对于理解生物的遗传信息至关重要。常见的基因组装配算法包括de Bruijn图方法和重叠...
【DNAstar序列装配与变异分析】：分析策略从短读到长读的转变
[【DNAstar序列装配与变异分析】：分析策略从短读到长读的转变](https://bpa-csiro-workshops.github.io/btp-manuals-md/modules/btp-module-denovo-canu/images/flowchart.png) 参考资源链接：[DNAstar全功能指南...
精选资源
序列装配的最新进展：原理和应用
03-05
DNA序列装配的目的在于重建出一条长的、连续的DNA分子序列，这通常需要从成千上万个短的、重叠的测序片段（fragments）出发，通过特定的计算方法拼接。但这个过程并不简单，因为它需要处理基因组中频繁出现的重复...
DNAstar软件：DNA序列与PCR引物设计分析工具
- SeqMan是一个序列装配工具，它可以帮助用户将来自测序平台的小片段DNA序列拼接成一个完整的序列。通过比对重叠区域，它能够识别出序列变异和测序错误。 3. EditSeq - EditSeq是另一个在DNA序列分析中非常有用的...
DN的工作原理
大数据
10-09 1412
DataNode 1.提供真实文件数据的存储服务 2.文件块(block):最基本的存储单位。对于文件内容而言，一个文件长度大小是size，那么从文件0皮衣开始，按照固定的大小，顺序对文件进行划分并编号，划分好的每一块称为一个block,HDFS默认Block的大小是128MB,以一个256MB文件，则需要两个block，即256 / 128 = 2 3.不同于普通文件系统的是，HDFS里面，如果...
IPSec ***的原理与配置
weixin_33827731的博客
05-30 719
博主QQ：819594300博客地址：http://zpf666.blog.51cto.com/有什么疑问的朋友可以联系博主，博主会帮你们解答，谢谢支持！一、***概述***技术最早是为了解决明文数据在网络上传输带来的安全隐患而产生的。TCP/IP协议族中很多协议都是采用明文传输的，比如telnet、ftp、tftp等。***技术可以对公网上传输的数据进行加密，也可以实现数据传输双方的身份验证。1...
山石网科防火墙绑定AD域实现远程办公
CHINAMSSP的博客
05-20 2076
山石网科防火墙绑定AD域实现远程办公 实验环境 搭建AD服务器 第一步 第二步 第三步 加入AD域 第一步 第二步 山石网科防火墙与AD服务器关联 测试成功
【算法导论】动态规划算法之装配线调度
青峰碧陋室
11-23 3563
动态规划算法之装配线调度 和分治算法一样，动态规划是通过组合子问题的解而解决整个问题的。但是与分治算法不同的是，动态规划算法适用于子问题不是独立的情况，也就是各子问题包含公共的子子问题。动态规划通常用于最优化问题的求解。看一个问题是否适合采用动态规划算法，主要有两个标志：最优子结构和重叠子问题。 最优子结构：问题的一个最优解包含了子问题的最优解。 重叠子问题：当一个递归算法不断地调用同一问题
装配线调度问题的算法解析和验证
weixin_34258838的博客
10-06 389
lienhua342014-10-06 1 问题描述 某个汽车工厂共有两条装配线,每条有 n 个装配站。装配线 i 的第 j个装配站表示为 Si,j ,在该站的装配时间为 ai,j 。一个汽车底盘进入工厂,然后进入装配线 i(i 为 1 或 2),花费时间为 ei 。在通过一条线的第 j 个装配站后,这个底盘来到任一条装配线的第(j+1)个装配站。如果它留在相同的装配线,则没有移动开销。但是,...
最速下降法/steepest descent，牛顿法/newton，共轭方向法/conjugate direction，共轭梯度法/conjugate gradient 及其他
911的专栏
10-12 3207
在最优化的领域中，这“法”那“法”无穷多，而且还“长得像”——名字相似的多，有时让人觉得很迷惑。 在自变量为一维的情况下，也就是自变量可以视为一个标量，此时，一个实数就可以代表它了，这个时候，如果要改变自变量的值，则其要么减小，要么增加，也就是“非左即右“，所以，说到“自变量在某个方向上移动”这个概念的时候，它并不是十分明显；而在自变量为n（n≥2）维的情况下，这个概念就有用了起来：假设自变
LDAP 中DN、CN、DC的含义
热门推荐
huxin1的专栏
06-22 3万+
很多人虽然会使用dsadd等命令添加用户，但是dsadd的命令说明里面并没有涉及到dc,cn,ou的含义，很多人都不明白，这里是微软的技术支持人 员的回信，希望对大家有帮助。 CN, OU, DC 都是 LDAP 连接服务器的端字符串中的区别名称（DN, distinguished   name） LDAP连接服务器的连接字串格式为：ldap://servername/DN   其中DN有三个属性
DnCNN与TRND的关系理解（一）
u010358125的博客
09-17 2808
这是嵌入 <a target="_blank" href="https://office.com"&amp
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值