parallel-fastq-dump是一个大坑

最新推荐文章于 2025-01-16 11:57:47 发布

转载最新推荐文章于 2025-01-16 11:57:47 发布 · 1.4k 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

原文链接：http://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10417687.html

文章标签：

#python

部署运行你感兴趣的模型镜像

用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6
但它会把anaconda默认python版本为3.6，无论是3.7还是2.7
且它不管以你是自己的环境还是公共的环境，都会升级
你不得不重装anaconda

转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10417687.html

您可能感兴趣的与本文相关的镜像

Python3.8

Conda

Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

david10251025

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

vllm中tensor-parallel-size和pipeline-parallel-size区别

11-09

5594

在 vLLM 中，和是用于配置模型并行化的两个关键参数，分别用于（Tensor Parallelism）和（Pipeline Parallelism），帮助在多个 GPU 上分配计算任务。

webpack 用 webpack-parallel-uglify-plugin 加速打包报错

CWW2016的博客

08-21

2765

从新拉了份代码。npm install 、npm run dev 都没有问题，但是npm run build 就报上面的错误了查了好多资料，都没有解决上面的问题，也不知道是哪里出了问题，但是可以肯定就是打包文件出错了后面才知道是ParallelUglifyPlugin 加速打包出错了。还是要分析报错的原因 1、`warnings` is not a suppor...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

测序数据处理 —— 数据下载

dxs18459111694的博客

05-15

959

如果是我们自己测的数据，一般公司提供的文件是压缩后的数据，后缀为fastq.gz或fq.gz。但如果我们想要使用别人上传到SRA或EBI数据库中的测序数据，则需要使用专门的下载软件把这些数据下载到本地。

有参转录组上游分析方案（脚本）

2401_83357773的博客

03-06

1303

转录组上游分析入门

生信小白下载SRA转录组数据转换成fastq格式

weixin_59759625的博客

04-13

1720

r, -R：–recursive 递归删除，将指定目录下的所有文件与子目录一并删除。删除文件 rm file.txt 强制删除文件 rm -f file.txt。删除文件夹 rm -r -f, 一步到位。我在下载过程中网络中断，删除了未下载完的文件夹，使用删除命令remove-rm。-f：–force 不提示，强制删除文件或目录，但是会忽略不存在的文件。-i：–interactive 进行交互式删除，删除前逐一询问确认。-v： --verbose 详细显示进行的步骤。

parallel-fastq-dump:并行fastq-dump包装器

04-30

并行fastq转储并行fastq-dump包装器为什么和如何即使您已经拥有更快的资源（网络，IO，CPU），即使您已经下载了sra文件，NCBI fastq-dump有时也会非常慢。该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。这是可能的，因为fastq-dump具有选项（ -N和-X ）来查询fastq-dump文件的特定范围，此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数，并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起，就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。提示使用fastq-dump下载很慢，即使有多个线程，也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标fastq-dump文件，这样fastq-dump将只需要进行转储。所有其他参数将直接传递给fastq-dump ，-- --gzip ，-- --split-files和过滤器按预

fastq-dump显示报错unrecognized option: ‘--split-3‘

hgz2020的博客

12-14

1209

fastq-dump显示报错unrecognized option: '--split-3'

加速NCBI fastq-dump的并行处理工具介绍

- **parallel-fastq-dump**: 这是一个并行执行NCBI的fastq-dump工具的包装器。在生物信息学领域，fastq-dump是用于将NCBI的SRA数据库中的序列读取归档（SRA）文件转换为标准的FASTQ格式文件的工具。 - **并行处理**:...

如何使用fastq-dump命令一次性把多个.sra文件转化成.fastq文件

最新发布

08-06

若系统支持并行处理，可使用 `parallel-fastq-dump`，它是 `fastq-dump` 的并行版本，能够显著提升大文件的转换速度。使用方式如下： ```bash parallel-fastq-dump --gzip --split-files --sra-id SRR12345678 --...

fastq-dump ：报错问题unrecognized option: ‘--split-3‘

weixin_57130216的博客

06-25

1223

更新版本至3.0.5后可以用原命令将sra数据转成fastq.gz。验证不更新版本2.10.8，用--split-e ，所转得结果的一致。

fastq:快速，在内存工作队列中

05-13

Fastq 快速，在内存工作队列中。基准（100万个任务）： setImmediate：812ms fastq：854毫秒异步队列：1298ms neoAsync.queue：1249毫秒在专用服务器上的节点12.16.1上获得。如果您需要零开销系列函数调用，请签出。对于零开销并行函数调用，请检查。安装 npm i fastq --save 用法 'use strict' var queue = require ( 'fastq' ) ( worker , 1 ) queue . push ( 42 , function ( err , result ) { if ( err ) { throw err } console . log ( 'the result is' , result ) } ) function worker ( arg , cb

【亲测免费】 parallel-fastq-dump 使用教程

gitblog_00939的博客

09-04

1876

parallel-fastq-dump 使用教程项目介绍 parallel-fastq-dump 是一个用于加速 fastq-dump 过程的工具，通过并行处理提高下载速度。fastq-dump 是 NCBI SRA 工具包中的一个命令行工具，用于将 SRA 文件转换为 FASTQ 格式。然而，即使在使用多线程的情况下，fastq-dump 的下载速度也可能很慢。parallel-fastq-d...

【亲测免费】 parallel-fastq-dump 项目教程

gitblog_00408的博客

09-03

518

parallel-fastq-dump 项目教程 1. 项目的目录结构及介绍 parallel-fastq-dump/ ├── bin/ │ └── parallel-fastq-dump ├── lib/ │ └── parallel_fastq_dump.py ├── tests/ │ └── test_parallel_fastq_dump.py ├── .gitignore ├...

fastq-dump 报错解决方案

weixin_30355437的博客

09-11

703

命令行： ~/tools/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2-5-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-spot --gzip rhesus_b_heart.sra 报错信息: 2013-09-11T05:02:11 fastq-dump.2.3.2 err: name not found while resolving tree w...

mk-parallel-dump 实验

weixin_33885253的博客

06-14

270

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...

并行Fastq-Dump工具常见问题解决方案

gitblog_00859的博客

01-16

1010

并行Fastq-Dump工具常见问题解决方案项目基础介绍 parallel-fastq-dump 是一个用于加速NCBI的fastq-dump过程的Python脚本。它可以利用多线程将工作分配到多个子进程中，从而提高处理SRA文件的速度。该项目主要用于生物信息学领域，尤其是在处理高通量测序数据时。主要的编程语言是Python。新手常见问题及解决方案问题一：项目安装失败问题描述：新手在尝试安...

Fastq-dump: 一个神奇的软件

weixin_33734785的博客

01-12

2628

现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生.NCBI的fastq-dump软件一直被大家归为目前网上文档做的最差的软件之一",而我用默认...

服务器中怎样截取fastq文件,fastq-dump并行版pfastq-dump的使用

weixin_36140358的博客

08-12

1084

fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢，并行版本成为趋势；无论怎么换，先要打好基础，使用并行版本的前提是要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。首先安装Sratoolkit的最新版(v.2.9.2)：mkdir -p/path-to-Sratoolkit/ && cd/path-to-Sratoolkit/wget https://ftp-...