python ovito模块计算某一类原子的MSD均方位移

最新推荐文章于 2025-03-29 10:16:22 发布
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分类专栏： ovito对lammp后处理 文章标签： python 数据分析
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 此文章为用python ovito模块计算某一类原子的MSD

ovito.modifiers.CalculateDisplacementsModifier 基于ovito.pipline.ReferenceConfigurationModifier

ovito GUI界面 Affine mapping of simulation cell 三个选项 Off，To reference, To current分别对应
Off          --> ReferenceConfigurationModifier.AffineMapping.Off
To reference --> ReferenceConfigurationModifier.AffineMapping.TOReference
To current   --> ReferenceConfigurationModifier.AffineMapping.ToCurrent

Default: ReferenceConfigurationModifier.AffineMapping.Off

即下图红框中所示：

ovito GUI 界面 Use minimum image convention对应：
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