- 博客(9)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 判断第0 frame下原子间所形成的键随着时间变化，继续存在或者已经改变的情况
4. 不同frame中的成键信息与第0 frame进行对比，判断那些键依然存在，那些键随着时间推移已经断裂、不在成键。1.首先在一个文件夹下不同frame下的、该体系内的不同种类的原子的成键信息。5. 将不同frame与第0frame的对比情况（第4步），写入到文件之中。3.将第0 frame下的原子成键信息导入到数组中。2.利用python安装numpy、numba包。
2023-05-17 21:39:30
222
1
原创 利用python ovito中的Createbondsmodifier对导入的体系中的不同种类的原子之间创建化学键，并导出bond topology以及相对应的particle identifier
此外由于lammps导入的dump文件，每一帧下的topology所对应的particle identifier并不唯一，所以要将该frame下的topology换成对应的particle identifier。注意：Topology.A 以及Topology.B不是该frame下对应的particle identifier。如下图所示，若Topology.A == 848，则它对应的Particle identifier == 25。1.预先安装相对应的模块：ovito、numpy、numba。
2023-05-17 21:17:08
1411
1
原创 VMD 对已经建好的模型进行图片输出
（此过程若是新的Rep中原子比老的Rep中的Rep原子大，则会覆盖，否则不会覆盖，那就需要删除老的Rep；7. 至于其他原子的颜色大小，键的粗细，都可以在Graphics Representations中进行更改，新的Rep中的参数之后比老的Rep中的参数大时才会覆盖之前的，OpenGL Display中显示的才会有相对应的改变，若是新Rep和老的Rep中的参数相同，虽然OpenGL Display 中也会有相对应的改变，但是如果调整分辨率时，可能会出现新老Rep混合的现象。
2023-04-17 18:39:12
6443
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人