task6b-哦别做梦了-TP53在TCGA的肝癌的有配对样本病人的转录组数据表达量配对图

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0.作业题目

• 从ucsc的xena浏览器里面下载感兴趣癌症，比如肝癌的表达矩阵（counts值）
• 然后根据样本名字拿到有配对的几十个病人的癌症和正常对照数据（部分癌症数据并没有对照）
• 接着提取感兴趣基因（比如TP53）的表达量
• 最后套用上面的绘图代码即可！

1.数据下载

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下载网址​

然后找到LIHC

点击进去下载即可

2.数据提取以及简单统计

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提取TP53的表达量数据

#TP53的ensemble id 为ENSG00000141510
zcat TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv.gz | grep -E 'Ensembl_ID|ENSG00000141510' >TP53_tcga_expression.txt

library(dplyr)
tp53_tcga = read.table('TP53_tcga_expression.txt',header = T,check.names = F)
rownames(tp53_tcga) = 'TP53'
tp53_tcga = tp53_tcga[,-1]

统计正常样品 和 肿瘤 样品个数

> table(colnames(tp53_tcga) %>% sub('TCGA-\\w+-\\w+-','',.) )