VASP结构优化（1）——分子的优化

最新推荐文章于 2025-06-03 14:44:26 发布
最新推荐文章于 2025-06-03 14:44:26 发布
阅读量7.2k 收藏 21
点赞数 7
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： VASP 分子优化
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/chenlanlan_10/article/details/119579662
本文介绍了如何使用VASP进行分子优化，以水分子H2O为例，详细阐述了构建分子、设置参数、优化过程以及所需文件的准备，包括KPOINTS、INCAR和POSCAR的设定。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

本文转载于微信公众号，VASP学习交流，将会持续更新

分子和团簇的优化

  • 构建大的supercell，在考量计算量的情况下，保证近邻image中最近原子距离>6A （可以认为破坏对称性）

  • 只优化原子坐标，不优化晶格常数：VASP中ISIF=2, K点也是单Gamma点（见KPOINTS详解）

分子H2O的建立POSCAR

1. 从菜单栏选择File —— New，或者直接点击如图中的按钮，在新建文档对话框中选择3D Atomistic，鼠标左击两次,这将打开一个空白的3D视图，相应的一个叫做3D Atomistic.xsd的项在项目管理器中显示出来。

图片

2. 在Sketch工具栏上选择Sketch Atom工具

图片

，点击选项箭头

图片

，这里不是O，需要再按倒三角，选择O，在3D Atomistic.xsd的空白地方，鼠标左击一次，留下一个O，之后按ESC结束绘制。点击按钮

最低0.47元/天 解锁文章

200万优质内容无限畅学
[VASP learning]O_2分子的结构优化和静态自洽
Dr_Carrot的博客
01-18 2869
用VASP计算氧气分子的结构并进行静态自洽计算
药物发现综述-03-分子设计与优化
weixin_43996337的博客
11-25 664
01.分子设计与优化 02.新药设计与优化 03.两个不同的任务 04.目标导向分子优化 05.VAE连接树 06.VAE连接树 07.寻找具有最优性质的分子 08.GraphAF：一种基于流的分子图生成自回归模型 09.一种基于流的分子图生成自回归模型 10.GraphAF的优势 11.分子生成 12.定向目标分子生成加强学习 13.分子优化 14.约束优化 15.MoFlow 16.总结 ...
CIKM 2021 | 基于IPCA的多属性分子优化
DrugAI
12-04 1202
今天给大家介绍以色列理工学院Kira Radinsky课题组发表在CIKM会议上的一篇文章“Multi-Property Molecular Optimization using an Integrated Poly-Cycle Architecture”。分子先导优化是药物发现的一项重要任务，重点是生成类似于候选药物但具有增强属性的分子。大多数先前的工作都集中在优化单个属性上。然而，在实际环境中，作者希望产生满足多个约束条件的分子，例如，效力和安全性。同时优化这些属性是困难的，主要是由于缺乏满足所有约束.
VASP计算H2分子的结合能
最新发布
qq_20563997的博客
06-03 701
首先要计算一个氢气分子的孤立能量，再减去两个孤立氢原子能量，将得到氢气分子的结合能。
探索化学新边界：DrugAssist——分子优化的大型语言模型
gitblog_00075的博客
06-22 490
探索化学新边界：DrugAssist——分子优化的大型语言模型 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 在这个创新日新月异的时代，人工智能正在为科学研究开辟新的路径，特别是在药物研发领域。 DrugAssist，一个由Blazerye团队打造的大型语言模型，旨在通过智能化的方式优化分子结构，加速新药的研发进程。 项目简介 DrugAssist是一个专为分子优化设计的语言模...
什么是分子优化（Molecule Optimization）以及相关论文
Drug discovery
08-28 2464
什么是分子优化（Molecule Optimization）以及相关论文
【vasp笔记】结构优化（结构弛豫）
flowingsand的博客
12-22 2万+
文章目录INCARTagsISTARTISPINICHARGLREALENCUTPRECLWAVELCHARGNSWIBRIONISMEARSIGMAISIF = 3EDIFFG(eV/AA)并行计算 INCAR ''' Global Parameters ISTART = 0 (Read existing wavefunction; if there) # ...
VASP四大输入文件——INCAR
chenlanlan_10的博客
08-10 1万+
本 INCAR 告诉VASP计算什么，怎么计算，控制收敛精度，这里介绍INCAR中主要的一些输入参数的设置 SYSTEM 注释所计算的体系，以示说明，可以省略不写; 一旦写了不可写错，比如说写成了 YSTEM，那么可能计算出的能量全是正值 NWRITE 决定OUTCAR的输出内容的详细程度,默认值是2 一般计算的时候不要把NWRITE设成0，尤其是计算过渡态的时候，因为此时OUTCAR中会没有每个离子步的原子受力 ISTART 初始化波函数,默认参数0,1，0代表随机生成波函数 1 代表从W
【VASP结构优化】：分子至晶体的精细调整秘籍
[【VASP结构优化】：分子至晶体的精细调整秘籍](https://opengraph.githubassets.com/e1e9e3a1914756e59761f32974dd27acd4a2a7c192b07dd95b37bdb449d5b55f/SINGROUP/VASP) # 摘要 VASP（Vienna Ab initio ...
GaussView对VASP的接口程序—— vout2gout (v0.0)
12-10
1. **运行VASP计算**：首先，在VASP中进行电子结构或分子动力学模拟，生成包含计算结果的vout文件。 2. **数据转换**：然后，使用vout2gout工具将vout文件的内容转换为GaussView能读取的gout格式。 3. **导入Gauss...
VASP实用工具集——快速计算声子
VASP（Vienna Ab initio Simulation Package）是一个在材料科学和凝聚态物理领域广泛使用的电子结构计算软件，它基于密度泛函理论，能够进行从头算分子动力学模拟和第一性原理计算。该工具包被打上了rapidlydb7 Vc的...
DFT新手教程：VASP中ISIF取值设置
DFT_M的博客
12-04 6631
考虑固定晶轴优化的情况下（重新编译vasp的源文件constr_cell_relax.F，并设置OPTCELL，参考：http://blog.wangruixing.cn/2019/05/05/constr），需要确保ISIF的设置是可优化所需要的晶胞的。其中使用较多，也尤为常用的也是ISIF=2的取值，只优化结构中原子位置，不考虑体积变化，适用与二维结构、已明确计算材料的晶格常数和加压或加应变的情况下的结构的计算。各个参数均可在vaspwiki查到可设置的参数以及该参数所具有的设置的含义。
Linux下vasp优化结构,VASP入门系列文章[6]结构优化
weixin_34892992的博客
05-14 1580
唐刚●北京理工大学博士●直答理工网个人专家在直答理工网建立小组●第一性原理计算交流小组●文献互助小组●VASP-BoltzTrap热电性质计算交流小组​工具/原料：VASP，INCAR/KPOINTS/POSCAR/POTCAR​上面几讲已经介绍完了VASP计算所必须的输入文件，下面继续讲解如何利用这些文件进行相关的计算：(结构优化)​➊文件准备：INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTC...
VASP 结构优化、静态自洽、非自洽计算
热门推荐
kyang_823的博客
03-01 13万+
第一步：结构优化 结构优化是指对输入体系进行原子弛豫，得到一个稳定的体系结构（通常以 前后两次总自由能之差 或 原子所受最大的力作为原子的迟豫收敛标准），当然结构优化包含了电子自洽计算过程（电子自洽迭代计算以总能作为收敛标准，默认为10-4） 通过结构优化使体系达到最稳定结构，因此可以得到体系的总能量（？？）、晶体结构参数（可以得到包括晶格常数、结合能等） 同时得到CONTCAR
【VASP】晶格常数与原子坐标优化
haoweixl的博客
12-25 7858
就是改POSCAR的第二行，改变缩放系数，一般这里需要做多个单点计算，不同缩放系数对应一个单点计算，（所以这里建议搞个脚本提交作业）获取能量，作图，找到能量最低点进行计算。一定要输出WAVECAR和CHGCAR，这样在你以后不论是计算电子态密度和能带结构，还是做杂化泛函和GW计算，就直接读取该步的结果继续算就行了，免得重复计算。，一般这个方法比较简单粗暴，但是用的比较多，优化好的CONTAR拿出来进行下一步的计算。保持晶格参数比例，对晶胞进行缩放，得到能量与缩放系数之间的关系图，取能量的最低点。
VASP(1)_参数测试_截断能(ENCUT)测试
tiandijunhao的博客
03-21 1万+
必要输入文件： encut.sh POTCAR KPOINTS和POSCAR可以在encut.sh里设置，也可以独立给出。 encut.sh脚本参考 #!/bin/bash #生成KPOINTS文件，KPOINTS不能与INCAR中的KSPACING参数共用，二选一 #注：KPOINTS文件每行一定要顶格写，不能前面不能空格，不然可能会报错。 cat > KPOINTS <...
抄冰冰的博客
weixin_62336829的博客
05-02 757
ISIF = 2 #离子步弛豫控制 初始只优化离子（ISIF=2）→优化晶胞（ISIF=6）→优化离子和晶胞（ISIF=3）原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_45834835/article/details/126949312。EDIFFG = 0.001 #ISIF=2的时候可以改成-0.01 降低精度用-0.005 加快计算。ISIF = 2 #先用ISIF=7，再用ISIF=2跑第二遍会比较稳妥。SIGMA = 0.1 #展宽的宽度。
VASP结构优化
PenicillinWell的博客
11-12 3420
VASP结构优化计算步骤自记
一些结构优化的思考
闲暇的ted空间
10-25 1268
一个vasp优化晶体结构的建议，虽然有些繁琐但好过事后，计算后续材料性能时遇到由精度不足而引起的问题。
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值