动态编程之序列比对:Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

本文探讨了DNA序列比对中的两种动态规划算法——Needleman-Wunsch全局比对算法和Smith-Waterman局部比对算法。讲解了加分规则,并使用BLOSUM62打分矩阵。通过实例解析算法的执行过程,包括初始化、表格填充和回溯策略,帮助理解如何寻找最优解。

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1. 加分规则

S(a,b) = 10 (a=b)

S(a,b) = -3(a!=b)

S(a,b) = -5(a='_' or b='_')

通常DNA和RNA,Protein都有打分矩阵,Protein常用打分矩阵BLOSUM62

2. 动态规划算法:

全局比对算法Needleman-Wunsch思路:从第一个到最后一个,一个个比,一条序列比个遍,然后得出最优解


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