数据库案例研究:MER
1. 蛋白质数据处理
1.1 转换SWISS - PROT数据
当有包含一个或多个SWISS - PROT条目的数据文件时, get_proteins 程序可将每个数据文件中的所有条目转换为以制表符分隔的数据行,每个条目对应一行,并将结果输出到标准输出。
假设SWISS - PROT数据文件名为:
- acica_ADPT.swp.txt
- serma_abdprt.swp.txt
- shilf_seq_ACDP.swp.txt
使用以下命令调用 get_proteins 程序,将这些文件进行转换,并将输出写入名为 proteins.input 的数据文件:
./get_proteins *swp* > proteins.input
这里的 > 符号用于将输出从标准输出重定向到指定文件。
1.2 导入数据到蛋白质表
现在 proteins.input 中存在一系列以制表符分隔的数据行。将这些数据导入 proteins 表的步骤如下:
1. 以 bbp 用户身份登录到 MER 数据库:
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