SAM得到完美匹配（perfect match）

最新推荐文章于 2024-06-25 09:43:59 发布

biubiuv

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分类专栏： bioinfo 文章标签： bioinfo bwa sam

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/biubiuv/article/details/56485536

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主要针对bwa生成的sam文件中，如何找到完美匹配的比对结果。

完美匹配（perfect match）是指：一条序列能够在不允许编辑距离（edit distance），碱基错配（mismatch）, GAP opens/extentions时能够比对到参考基因组上。

BWA比对的结果最终为sam（Sequence Alignment/Map）格式，内容如下：

Col	Field	Description
1	QNAME	Query (pair) NAME
2	FLAG	bitwise FLAG
3	RNAME	Reference sequence NAME
4	POS	1-based leftmost POSition/coordinate of clipped sequence
5	MAPQ	MAPping Quality (Phred-scaled)
6	CIAGR	extended CIGAR string
7

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