「毅硕|生信教程」 micromamba:mamba的C++实现,超越conda

1 Micromamba 简介

大家是否有这样的经历,使用conda/anaconda进行环境配置的是否速度非常慢,进度经常卡在“Collecting package metadata”上。甚至有时候需要安装的软件比较多,或者需要用到conda-forge这个最大的channel,conda能一直卡在collecting步骤上直到http连接超时也没能处理完毕。直到有天小编发现了mamba这个工具,进而发现了micromamba(micromamba是mamba包管理器的小型版本,采用C++实现,具有mamba的核心功能,且体积更小,可以脱离conda独立运行,更易于部署),从此再也没有因为生信软件的安装配置而烦恼抓狂过。闲话少说,开始我们的教程。

2 Micromamba 教程

  2.1 安装与配置

小编比较推荐国内用户从miniconda的安装起手,这里使用的是TUNA镜像站的链接,https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py311_24.4.0-0-Linux-x86_64.sh。下载完毕后,执行命令

sh Miniconda3-py311_24.4.0-0-Linux-x86_64.sh

通常没有特殊需求的情况下,一路“enter,yes”把miniconda安装到${HOME}/miniconda3即可。一般安装完毕后会询问是否直接执

### Linux 息学教程与工具 #### CondaMamba 的安装与使用 Conda 是一种开源的包管理器和环境管理器,广泛应用于科学计算领域。它简化了依赖项管理和软件安装的过程,在息学研究中尤为重要。Mamba 则是一个更快的替代方案,基于 C++ 实现,能够显著加速依赖解析过程[^1]。 对于初学者来说,可以通过以下方式快速设置 CondaMamba 环境: ```bash # 安装 Miniconda (推荐用于新用户) wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 创建一个新的 conda 环境并激活 conda create -n bioinfo python=3.9 conda activate bioinfo # 安装 mamba 并替换默认的 conda 命令 conda install mamba -c conda-forge mamba init ``` #### SInC 软件的配置与运行 SInC(Simulation of Next Generation Sequencing Data with Copy Number Variations)是一款专门设计用于模拟高通量测序数据的工具。为了成功运行此软件,可能需要额外安装 GNU Scientific Library (GSL),因为它是许多数值运算的核心库之一[^2]。 如果遇到类似于 `error while loading shared libraries: libgsl.so.0` 的错误提示,则表明系统缺少 GSL 库文件或者路径未被正确识别。解决方法包括重新编译源码以及调整动态链接器缓存: ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install libgsl-dev # 更新共享库缓存 sudo ldconfig /usr/local/lib/ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH ``` #### Geneious 工具的部署指南 Geneious 是一款功能强大的序列分析平台,支持多种常见的分子物学操作,例如比对、组装和注释等。尽管其图形界面友好易用,但在高性能计算集群上的应用仍需借助命令行完成初始安装工作流[^3]。 具体步骤如下所示: ```bash scp ./Geneious_Prime_linux64_with_jre.sh user@server:/path/to/directory/ ssh user@server chmod +x Geneious_Prime_linux64_with_jre.sh sh Geneious_Prime_linux64_with_jre.sh --silent-install ``` 以上介绍了几个常用的 Linux 下息学相关资源及其基本用法。希望这些内容能帮助您更高效地开展科研活动!
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