1 Micromamba 简介
大家是否有这样的经历,使用conda/anaconda进行环境配置的是否速度非常慢,进度经常卡在“Collecting package metadata”上。甚至有时候需要安装的软件比较多,或者需要用到conda-forge这个最大的channel,conda能一直卡在collecting步骤上直到http连接超时也没能处理完毕。直到有天小编发现了mamba这个工具,进而发现了micromamba(micromamba是mamba包管理器的小型版本,采用C++实现,具有mamba的核心功能,且体积更小,可以脱离conda独立运行,更易于部署),从此再也没有因为生信软件的安装配置而烦恼抓狂过。闲话少说,开始我们的教程。
2 Micromamba 教程
2.1 安装与配置
小编比较推荐国内用户从miniconda的安装起手,这里使用的是TUNA镜像站的链接,https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py311_24.4.0-0-Linux-x86_64.sh。下载完毕后,执行命令
sh Miniconda3-py311_24.4.0-0-Linux-x86_64.sh
通常没有特殊需求的情况下,一路“enter,yes”把miniconda安装到${HOME}/miniconda3即可。一般安装完毕后会询问是否直接执