MPICH环境的Quantum ESPRESSO安装
在linux系统上安装Quantum ESPRESSO时,尽量选择并行版本以缩短时间,哪怕是在PC上进行练习和学习,并行也可以有效缩短时间。所以我们就需要安装MPICH。首先确认系统中有没有安装过MPICH环境,可以使用mpiexec --version
来查看是否有MPICH,如果没有则按照如下步骤安装。
1. 安装MPICH
一下步骤基于4.2.0版本的MPICH,详细的手册可以参照 MPICH-4.2.0-installguide,简略步骤是
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从官网上下载mpich-4.2.0.tar.gz,然后在存放的位置解压缩
tar -xzvf mpich-4.2.0.tar.gz
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创建一个临时文件夹,类似编译一般软件时build文件夹的功能
mkdir mpich_tmp
cd mpich_tmp
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进行configure,注意此处我们使用默认安装位置
/usr/local/bin
,也可以用其他路径代替,但是注意安装完成后使用export
设置环境变量
../mpich-4.2.0/configure -prefix=/usr/local/bin |& tee c.txt
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build MPICH,如下是bash环境的命令,其他终端有所不同,详细可以参考手册
make 2>&1 | tee m.txt
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安装MPICH,此处可能需要sudo
sudo make install | tee mi.txt
export PATH="/usr/local/bin/bin:$PATH"
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安装完成后使用
which mpiexec
,which mpicc
和which mpif90
来确认已经安装好。支持并行的代码可以使用
mpiexec -n 5 ./examples/cpi
来运行了,上述是一个自带的测例,其中-n
代表并行线程数,也可以加上-f machinefile
来配置每个host,详细可以查看手册。
2. 安装Quantum ESPRESSO
相比于VASP,QE的最大优点就是它是开源的。虽然开源软件可能存在支持不足的情况,但是对于学习者来说,开源带来了足够的透明度,并且没有开销的压力。此处使用的QE版本为7.3,详细参考的是QE_manual。
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首先是下载和解压缩
tar -zxvf qe-7.3-ReleasePack.tar.gz
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编译和安装。
make -j all
在我尝试时没有成功在bin
文件夹中生成可执行文件,所以先安装最常使用的pw模块
cd qe-7.3/
./configure
make -j pw
成功之后应该可以在根目录的/bin
文件夹中看到生成的二进制可执行文件,包括pw.x
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运行Quantum ESPRESSO,以8个线程为例
mpiexec -n 8 /{pathtoqe}/bin/pw.x -i {inputscript} > {output}