论文阅读:Crown Segmentation From Computed Tomography Images With Metal Artifacts

本文介绍了一种改进的牙齿轮廓识别方法,特别适用于存在金属植入物的情况。通过手动初始化切片和使用拉登变换分离相邻牙齿,结合统计形状先验的水平集方法限制轮廓形状,有效避免了分割过程中受到金属矫正装置的影响。实验表明,在15个含有金属牙套的数据集中,该方法提高了分割准确性。

【论文信息】

Crown Segmentation From Computed Tomography Images With Metal Artifacts
IEEE SIGNAL PROCESSING LETTERS 2016 IF 1.66 三区
同样出自Zeyang Xia只手,深圳先进科学技术研究院

【背景】

当有金属植入物存在时,牙齿的轮廓不容易识别出来。牙冠的前表面会有凸出来的东西,而以往的方法都是默认没有这些存在的,所以该论文对于新问题改进了老方法来解决。

【方法】

老套路,手动初始化slice然后LS自动传播。然后在每一个slice开始的时候,用拉登变换分离相邻牙齿。
这里写图片描述

用统计形状先验的LS来限制最后收敛轮廓的形状,避免分割到金属矫正装置。
这里写图片描述
上面是state-of-art方法的结果,下面是本文的结果,成功避开了金属牙套。
这里写图片描述
实验部分,用了15个开口状态的有牙套的数据。有牙套的情况下,准确度显然是要比以往方法高的。除了手动初始化,速度是4-6分钟。

【讨论&启发】

本文的related works写得挺全的,有几篇可以看看。【5,6,7,8,9】
用一条线来分离两个牙齿其实挺好的,有左右两条线的情况下相当于给LS规定了一个牙齿区域,从而避免了多牙根状态下分割失误。但这样分离也是一种假设,postulate。

  • 我们可以试着提出别的办法分开两个牙齿,非线性的方法。
  • 多研究切片,根据实际情况来。比如在一开始3D情况下直接分开来。
  • 或者提升速度,他现在是4-6分钟,也许可以更快。

Reference

【5】M. Hosntalab, R. A. Zoroofi, A. A. Tehrani-Fard, and G. Shirani, “Segmentation of teeth in CT volumetric dataset by panoramic projection and variational level set,” Int. J. Comput. Assisted Radiol. Surg., vol. 3, no. 3–4, pp. 257–265, 2008.
【6】H. Gao and O. Chae, “Individual tooth segmentation from CT images using level set method with shape and intensity prior,” Pattern Recognit., vol. 43, no. 7, pp. 2406–2417, 2010.
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要复现《Online Easy Example Mining for Weakly - supervised Gland Segmentation from Histology Images》论文的研究内容,可从以下几个方面着手: ### 环境搭建 首先需搭建合适的运行环境,通常要安装深度学习框架,如 PyTorch 或 TensorFlow。以 PyTorch 为例,可使用以下命令安装: ```python pip install torch torchvision ``` 同时,还需安装其他必要的库,像 NumPy、OpenCV 等: ```python pip install numpy opencv-python ``` ### 数据集准备 该论文主要针对组织学图像进行腺体分割,要获取对应的数据集。一般来说,数据集应包含组织学图像以及相应的标注信息。若数据集有公开版本,可直接下载;若没有,则需自行收集和标注。在准备数据集时,要对数据进行预处理,如调整图像大小、归一化等: ```python import cv2 import numpy as np def preprocess_image(image): # 调整图像大小 image = cv2.resize(image, (256, 256)) # 归一化 image = image / 255.0 return image ``` ### 模型构建 依据论文中的描述构建模型。论文可能提出了特定的网络架构,需使用深度学习框架实现该架构。以下是一个简单的 PyTorch 模型示例: ```python import torch import torch.nn as nn class GlandSegmentationModel(nn.Module): def __init__(self): super(GlandSegmentationModel, self).__init__() # 定义模型的层 self.conv1 = nn.Conv2d(3, 64, kernel_size=3, padding=1) self.relu1 = nn.ReLU() # 可根据论文添加更多层 def forward(self, x): x = self.conv1(x) x = self.relu1(x) return x ``` ### 训练模型 按照论文中的训练方法对模型进行训练。这包括选择合适的损失函数、优化器,以及设置训练参数,如学习率、训练轮数等: ```python import torch.optim as optim model = GlandSegmentationModel() criterion = nn.CrossEntropyLoss() optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=0.001) # 模拟训练数据 train_images = torch.randn(10, 3, 256, 256) train_labels = torch.randint(0, 2, (10, 256, 256)) for epoch in range(10): optimizer.zero_grad() outputs = model(train_images) loss = criterion(outputs, train_labels) loss.backward() optimizer.step() print(f'Epoch {epoch+1}, Loss: {loss.item()}') ``` ### 模型评估 使用测试数据集对训练好的模型进行评估,计算相关的评估指标,如 Dice 系数、交并比(IoU)等: ```python from sklearn.metrics import f1_score test_images = torch.randn(5, 3, 256, 256) test_labels = torch.randint(0, 2, (5, 256, 256)) model.eval() with torch.no_grad(): test_outputs = model(test_images) test_outputs = (test_outputs > 0.5).float() f1 = f1_score(test_labels.flatten(), test_outputs.flatten()) print(f'F1 Score: {f1}') ```
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