超算上安装python+HTSeq+numpy+easy_install

最新推荐文章于 2025-11-18 21:45:53 发布
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在没有root权限的超级计算机上安装Python、HTSeq、numpy和easy_install的过程。首先创建自己的Python环境，然后逐步解决安装依赖问题，包括下载安装Python、设置环境变量、手动下载安装setuptools和numpy，最终成功运行HTSeq的相关工具。

之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达，想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果，也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包，需要numpy，没有root权限，半天搞不好。记录下：

1.下载HTSeq

下载

传到主机上，python setup.py build 出错。

2.直接非root权限安装一个python

首先在软件列表文件夹下 

mkdir python-2.7

cd python-2.7

下载python-2.7.10 传至当前文件夹

cd python-2.7.10

./configure --prefix=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7

make
make install
然后就会在python-2.7这个文件下面生成目录bin

修改.bashrc文件

添加:


                

        

    



  


        

            

                      
                        最低0.47元/天 解锁文章
                          
                      
            

        


    



                



	

		

			

				
					
python自定义安装_在'超算/服务器'上安装自定义的Python及模块

				
			

			

				

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					12-07
					
					1256
					
				

			

		

		

			
				
在最近的学习中，需要使用学校的超算进行模拟计算，加之自己正在学习python，就想把自己编写的一些python程序放在超算上运行，但是发现:超算上的python版本为2.6.9，而我需要使用python3；numpy、matplotlib等模块并没有，且不能自行安装。于是就打算在超算自己用户路径下安装python3以及我想使用的模块,其实本质上就是在Linux上安装python,并无二异，只是多了...

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
中科大EPC自动程序（2022python版）

				
			

			

				

					xudesheng1234的博客
				

				

					11-24
					
					1003
					
				

			

		

		

			
				
目录一、前言二、源程序三、使用步骤1.把用到的库都安装了2.下载谷歌浏览器驱动3.改学号密码4.改收发邮箱4.改预定时间四、运行步骤注意事项


一、前言
本程序参考了前辈 @眕眕的这篇文章
但前辈的程序不能正确运行，主要问题评论区已有人指出。
最大的问题是“预约”按钮的自动点击，原程序在检测到课程时对tds[25]元素自动点击：
if (week <=MAX) & ((day,course_time) in BOOK_TIME):  #如果满足条件，则自动选课
			tds[25].clic

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
在北京超算（CPU）上运行自己的python机器学习代码

				
			

			

				

					weixin_63506344的博客
				

				

					09-16
					
					4288
					
				

			

		

		

			
				
在官网申请免费试测名额，下载并登录客户端后用SSH或者Putty连接（putty选择最低的网络延迟，弹出的窗口点击yes ）选择自己的账号连接即可。

			
		

	





	

		

			

				
					
 推荐文章：PyDESeq2 - 开源的RNA-seq差异表达分析利器

					
最新发布

				
			

			

				

					gitblog_00885的博客
				

				

					11-18
					
					600
					
				

			

		

		

			
				
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**项目名称**：PyDESeq2

在生物信息学领域，RNA-seq数据分析是探索基因表达变化的关键工具。随着Python作为数据科学的首选语言地位日益稳固，一款名为**PyDESeq2**的库应运而生，旨在为科研人员提供一个高效、易用的平台，用于执行基于Python的差异表达分析。

## 项目介绍

PyDESeq2是一个基于Python实现的DESeq2方法重制版本，该原始方法在

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
python 各种包的安装

				
			

			

				

					liuxu1989315的专栏
				

				

					09-30
					
					637
					
				

			

		

		

			
				
[1]配置easy_install和pip
在python安装路径下：C:\Python27\Scripts 的Scripts配置到环境变量
[2]进入到你需要安装包的路径下（下载路径http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/），按住shift+右击鼠标 选择


然后在命令行输入安装包即可：

			
		

	





	

		

			

				
					
武大超算linux系统平台配置pytorch环境

				
			

			

				

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武大超算linux系统平台配置pytorch环境

			
		

	





	

		

			

				
					
OpenCV2.3.1+Python2.7.3+Numpy等的配置解析

				
			

			

				

					09-20
				

			

		

		

			
				
- **验证Python及科学计算库安装**：安装完成后，可以通过命令行输入`python`启动Python解释器，然后尝试导入Numpy、Scipy等库，确保安装正确无误。  ```python >>> import numpy as np >>> import scipy as sp ``` ...

			
		

	





	

		

			

				
					
python2.7+ez_setup+pip+numpy+matplotlib+scikit_learn(all for ).rar )

				
			

			

				

					07-21
				

			

		

		

			
				
在Python环境中，可以使用`pip install easy_install`来安装`easy_install`，然后利用`easy_install`来安装其他依赖包。在更新到Python 3之后，`pip`逐渐取代了`easy_install`，成为安装Python库的首选方法。在这个...

			
		

	





	

		

			

				
					
Python、Pydev、easy_install、pip、Numpy、Scipy插件大礼包

				
			

			

				

					08-02
				

			

		

		

			
				
Easy_Install是Python的包管理工具之一，用于自动化安装Python的 eggs（Python的分发格式）。它通过读取项目元数据来找到并安装所需的库，简化了依赖关系的解决过程。用户只需在命令行中输入`easy_install <package_...

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu16.04/树莓派Python3+opencv配置教程(分享)

				
			

			

				

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总结一下，配置Python3与OpenCV在Ubuntu 16.04和树莓派上的主要步骤包括更新系统、安装依赖、下载OpenCV源码、配置编译选项、编译和安装OpenCV以及更新环境变量。尽管过程中可能会遇到一些挑战，但只要按照这些步骤...

			
		

	





	

		

			

				
					
python默认安装位置——快速查找Python安装路径方法

				
			

			

				

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python默认安装位置——快速查找Python安装路径方法

			
		

	





	

		

			

				
					
PyPI 官网下载 | HTSeq-0.9.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl

				
			

			

				

					01-21
				

			

		

		

			
				
资源来自pypi官网。
资源全名：HTSeq-0.9.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl

			
		

	





	

		

			

				
					
设置超算平台环境的自动加载

				
			

			

				

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					02-10
					
					773
					
				

			

		

		

			
				
在超算平台设置环境的自动加载，model 模式
打开 ~/.bashrc
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=
source /public3/soft

			
		

	





	

		

			

				
					
python中ht_Python包学习-HTSeq

				
			

			

				

					weixin_39818550的博客
				

				

					12-05
					
					625
					
				

			

		

		

			
				
HTSeq用作测序数据和分析软件之间的“粘合剂”，主要有下述功能：通过碱基质量了解数据统计基因组覆盖度GFF file文件读取注释信息将RNA-Seq实验中的比对结果分配给外显子和基因。--------------------------安装：pip install HTSeq服用方法1. 读取fastq,获取read信息>>> import HTSeq>>> ...

			
		

	





	

		

			

				
					
全网最简单易懂！495页Python漫画教程，高清PDF版开发下载

				
			

			

				

					隔壁王叔的博客
				

				

					10-25
					
					1826
					
				

			

		

		

			
				
全网最简单易懂！495页Python漫画教程，高清PDF版开发下载

			
		

	





	

		

			

				
					
【超详细Python库安装】Python第三方库安装详细教程（图文结合）

				
			

			

				

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					10-31
					
					9159
					
				

			

		

		

			
				
1、打开Pycharm，在程序最下面一栏找到终端，单击进入2、进入终端后，输入：pip install 模块名，按回车（enter键）即可安装3、等待进度条跑完，提示信息：Successfully installed代表安装成功1、返回到电脑桌面，按住键盘的win+R（先按win，再按R）2、弹出运行窗口，在里面输入cmd，打开命令行窗口3、输入Python，查看Python是否正确安装，也可以查看Python安装的版本4、 pip uninstall 模块名，卸载已安装的模块。

			
		

	





	

		

			

				
					
RNA-seq分析htseq-count的使用

				
			

			

				

					weixin_30709929的博客
				

				

					07-19
					
					2144
					
				

			

		

		

			
				
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐，其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使...

			
		

	





	

		

			

				
					
武大超算平台安装tensorflow-gpu及其环境

				
			

			

				

					weixin_44309437的博客
				

				

					11-17
					
					1267
					
				

			

		

		

			
				
武大超算平台安装使用GPU环境下的tensorflow

			
		

	





	

		

			

				
					
用超级计算机（超算）跑模型代码指南

				
			

			

				

					qq_43155641的博客
				

				

					03-19
					
					3325
					
				

			

		

		

			
				
Tabby安装与打开的方法在此网页。示例：mv file.txt newfile.txt - 将 "file.txt" 重命名为 "newfile.txt"。示例：grep "keyword" file.txt - 在 "file.txt" 中搜索包含 "keyword" 的行。示例：cp file1.txt file2.txt - 将 "file1.txt" 复制为 "file2.txt"。示例：chown user file.txt - 将 "file.txt" 的所有者更改为 "user"。

			
		

	





	

		

			

				
					
'easy_install' cmd 安装命令

				
			

			

				

					06-10
				

			

		

		

			
				
<think>我们正在处理用户关于easy_install命令的安装和使用方法的问题。根据提供的引用信息，我们可以总结出以下步骤：1.安装setuptools包，因为easy_install是setuptools的一部分。2.安装成功后，就可以在命令行使用easy_install命令来安装Python第三方包。引用信息提供了几种安装方法：-方法1：使用ez_setup.py脚本（引用3）-方法2：直接下载对应版本的setuptools的.exe文件安装（引用4）我们按照清晰的结构来回答用户的问题。**安装步骤：**根据引用3和引用4，我们可以提供两种安装方法：**方法一：使用ez_setup.py**1.下载ez_setup.py文件（可以在官方网站或通过搜索引擎找到，例如在https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py下载）。2.将ez_setup.py文件放置到Python的安装路径下的Scripts目录，例如：`C:\Python27\Scripts`（注意：根据你的Python安装路径和版本调整）。3.打开命令提示符（cmd），切换到该目录（或者确保该目录在系统PATH环境变量中），然后运行：```pythonez_setup.py```4.安装完成后，在命令行中输入`easy_install--help`，如果显示帮助信息，则安装成功。**方法二：使用.exe安装程序（推荐）**1.根据你的Python版本和系统位数（32位或64位），从官方网站（如https://pypi.python.org/pypi/setuptools）下载对应的setuptools的.exe安装包。-例如，对于Python3.3，下载`setuptools-2.0.2.win32-py3.3.exe`（引用4）。2.双击运行下载的.exe文件。3.完成安装后，打开命令提示符，输入`easy_install--help`，如果显示帮助信息，则安装成功。**使用方法：**安装成功后，在命令行中使用以下格式来安装Python包：```easy_install包名```例如，安装一个名为`requests`的包：```easy_installrequests```**注意事项：**-确保在运行这些命令时具有管理员权限（尤其是安装setuptools时），以避免权限问题。-确保将Python的安装路径（如`C:\PythonXX`）和Scripts目录（如`C:\PythonXX\Scripts`）添加到系统的PATH环境变量中，这样可以在任何目录下使用`easy_install`命令。如果用户在安装过程中遇到问题，可以尝试重新安装setuptools或者检查Python环境变量设置。相关问题：1.如何验证easy_install是否安装成功？2.使用easy_install安装包时出现权限错误怎么办？3.除了easy_install，还有哪些Python包管理工具？</think>
### easy_install 命令的安装与使用指南

#### 一、安装方法（Windows系统）
1. **推荐方法：直接安装setuptools**  
   - 访问 [setuptools官方页面](https://pypi.org/project/setuptools)
   - 下载与Python版本匹配的`.exe`文件（如`setuptools-X.X.X.win32-py3.X.exe`）
   - 双击运行安装程序完成安装[^4]

2. **替代方法：通过脚本安装**  
   ```bash
   # 1. 下载ez_setup.py脚本
   curl -O https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py

   # 2. 执行安装命令
   python ez_setup.py
   ```
   安装完成后在命令行执行 `easy_install --help` 验证安装[^3]

> **注意**：安装前需将Python的`Scripts`目录（如`C:\Python39\Scripts`）添加到系统PATH环境变量

#### 二、基础使用方法
```bash
# 安装最新版软件包
easy_install 包名

# 安装特定版本
easy_install "包名==版本号"

# 升级软件包
easy_install -U 包名
```
**示例操作**：
```bash
# 安装最新版requests库
easy_install requests

# 安装指定1.0.0版的numpy
easy_install "numpy==1.0.0"
```

#### 三、进阶功能
1. **从压缩包安装**  
   ```bash
   easy_install /path/to/package.zip
   ```

2. **从代码仓库安装**  
   ```bash
   easy_install -f https://github.com/user/repo
   ```

3. **安装开发版依赖**  
   ```bash
   easy_install "包名>=1.0,<2.0"
   ```

#### 四、注意事项
1. 需要管理员权限运行命令行（Windows下以管理员身份运行cmd）
2. 较新Python版本推荐使用`pip`代替（两者功能相似，但pip更新更活跃）
3. 当提示`'easy_install' 不是内部命令`时，检查：
   - Python安装目录下的`Scripts`文件夹是否在PATH中
   - 是否成功安装setuptools（核心依赖库）[^2]

> 常见错误处理：若出现权限错误，尝试 `easy_install --user 包名` 进行用户级安装[^1]

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          前往充值 >
        

      

      

        

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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
 发出的红包
            

          

        

        

          

          

          

        

      

    

    

  



      
      

      
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