超算上安装python+HTSeq+numpy+easy_install

最新推荐文章于 2025-11-18 21:45:53 发布
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在没有root权限的超级计算机上安装Python、HTSeq、numpy和easy_install的过程。首先创建自己的Python环境，然后逐步解决安装依赖问题，包括下载安装Python、设置环境变量、手动下载安装setuptools和numpy，最终成功运行HTSeq的相关工具。

之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达，想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果，也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包，需要numpy，没有root权限，半天搞不好。记录下：

1.下载HTSeq

下载

传到主机上，python setup.py build 出错。

2.直接非root权限安装一个python

首先在软件列表文件夹下 

mkdir python-2.7

cd python-2.7

下载python-2.7.10 传至当前文件夹

cd python-2.7.10

./configure --prefix=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7

make
make install
然后就会在python-2.7这个文件下面生成目录bin

修改.bashrc文件

添加:


                

        

    



  


        

            

                      
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python自定义安装_在'超算/服务器'上安装自定义的Python及模块

				
			

			

				

					weixin_39939530的博客
				

				

					12-07
					
					1256
					
				

			

		

		

			
				
在最近的学习中，需要使用学校的超算进行模拟计算，加之自己正在学习python，就想把自己编写的一些python程序放在超算上运行，但是发现:超算上的python版本为2.6.9，而我需要使用python3；numpy、matplotlib等模块并没有，且不能自行安装。于是就打算在超算自己用户路径下安装python3以及我想使用的模块,其实本质上就是在Linux上安装python,并无二异，只是多了...

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
中科大EPC自动程序（2022python版）

				
			

			

				

					xudesheng1234的博客
				

				

					11-24
					
					1003
					
				

			

		

		

			
				
目录一、前言二、源程序三、使用步骤1.把用到的库都安装了2.下载谷歌浏览器驱动3.改学号密码4.改收发邮箱4.改预定时间四、运行步骤注意事项


一、前言
本程序参考了前辈 @眕眕的这篇文章
但前辈的程序不能正确运行，主要问题评论区已有人指出。
最大的问题是“预约”按钮的自动点击，原程序在检测到课程时对tds[25]元素自动点击：
if (week <=MAX) & ((day,course_time) in BOOK_TIME):  #如果满足条件，则自动选课
			tds[25].clic

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
在北京超算（CPU）上运行自己的python机器学习代码

				
			

			

				

					weixin_63506344的博客
				

				

					09-16
					
					4288
					
				

			

		

		

			
				
在官网申请免费试测名额，下载并登录客户端后用SSH或者Putty连接（putty选择最低的网络延迟，弹出的窗口点击yes ）选择自己的账号连接即可。

			
		

	





	

		

			

				
					
 推荐文章：PyDESeq2 - 开源的RNA-seq差异表达分析利器

					
最新发布

				
			

			

				

					gitblog_00885的博客
				

				

					11-18
					
					601
					
				

			

		

		

			
				
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**项目名称**：PyDESeq2

在生物信息学领域，RNA-seq数据分析是探索基因表达变化的关键工具。随着Python作为数据科学的首选语言地位日益稳固，一款名为**PyDESeq2**的库应运而生，旨在为科研人员提供一个高效、易用的平台，用于执行基于Python的差异表达分析。

## 项目介绍

PyDESeq2是一个基于Python实现的DESeq2方法重制版本，该原始方法在

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
python 各种包的安装

				
			

			

				

					liuxu1989315的专栏
				

				

					09-30
					
					637
					
				

			

		

		

			
				
[1]配置easy_install和pip
在python安装路径下：C:\Python27\Scripts 的Scripts配置到环境变量
[2]进入到你需要安装包的路径下（下载路径http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/），按住shift+右击鼠标 选择


然后在命令行输入安装包即可：

			
		

	





	

		

			

				
					
武大超算linux系统平台配置pytorch环境

				
			

			

				

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武大超算linux系统平台配置pytorch环境

			
		

	





	

		

			

				
					
OpenCV2.3.1+Python2.7.3+Numpy等的配置解析

				
			

			

				

					09-20
				

			

		

		

			
				
- **验证Python及科学计算库安装**：安装完成后，可以通过命令行输入`python`启动Python解释器，然后尝试导入Numpy、Scipy等库，确保安装正确无误。  ```python >>> import numpy as np >>> import scipy as sp ``` ...

			
		

	





	

		

			

				
					
python2.7+ez_setup+pip+numpy+matplotlib+scikit_learn(all for ).rar )

				
			

			

				

					07-21
				

			

		

		

			
				
在Python环境中，可以使用`pip install easy_install`来安装`easy_install`，然后利用`easy_install`来安装其他依赖包。在更新到Python 3之后，`pip`逐渐取代了`easy_install`，成为安装Python库的首选方法。在这个...

			
		

	





	

		

			

				
					
Python、Pydev、easy_install、pip、Numpy、Scipy插件大礼包

				
			

			

				

					08-02
				

			

		

		

			
				
Easy_Install是Python的包管理工具之一，用于自动化安装Python的 eggs（Python的分发格式）。它通过读取项目元数据来找到并安装所需的库，简化了依赖关系的解决过程。用户只需在命令行中输入`easy_install <package_...

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu16.04/树莓派Python3+opencv配置教程(分享)

				
			

			

				

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总结一下，配置Python3与OpenCV在Ubuntu 16.04和树莓派上的主要步骤包括更新系统、安装依赖、下载OpenCV源码、配置编译选项、编译和安装OpenCV以及更新环境变量。尽管过程中可能会遇到一些挑战，但只要按照这些步骤...

			
		

	





	

		

			

				
					
python默认安装位置——快速查找Python安装路径方法

				
			

			

				

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python默认安装位置——快速查找Python安装路径方法

			
		

	





	

		

			

				
					
PyPI 官网下载 | HTSeq-0.9.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl

				
			

			

				

					01-21
				

			

		

		

			
				
资源来自pypi官网。
资源全名：HTSeq-0.9.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl

			
		

	





	

		

			

				
					
设置超算平台环境的自动加载

				
			

			

				

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					02-10
					
					773
					
				

			

		

		

			
				
在超算平台设置环境的自动加载，model 模式
打开 ~/.bashrc
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=
source /public3/soft

			
		

	





	

		

			

				
					
python中ht_Python包学习-HTSeq

				
			

			

				

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					12-05
					
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HTSeq用作测序数据和分析软件之间的“粘合剂”，主要有下述功能：通过碱基质量了解数据统计基因组覆盖度GFF file文件读取注释信息将RNA-Seq实验中的比对结果分配给外显子和基因。--------------------------安装：pip install HTSeq服用方法1. 读取fastq,获取read信息>>> import HTSeq>>> ...

			
		

	





	

		

			

				
					
【超详细Python库安装】Python第三方库安装详细教程（图文结合）

				
			

			

				

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					10-31
					
					9160
					
				

			

		

		

			
				
1、打开Pycharm，在程序最下面一栏找到终端，单击进入2、进入终端后，输入：pip install 模块名，按回车（enter键）即可安装3、等待进度条跑完，提示信息：Successfully installed代表安装成功1、返回到电脑桌面，按住键盘的win+R（先按win，再按R）2、弹出运行窗口，在里面输入cmd，打开命令行窗口3、输入Python，查看Python是否正确安装，也可以查看Python安装的版本4、 pip uninstall 模块名，卸载已安装的模块。

			
		

	





	

		

			

				
					
全网最简单易懂！495页Python漫画教程，高清PDF版开发下载

				
			

			

				

					隔壁王叔的博客
				

				

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					1826
					
				

			

		

		

			
				
全网最简单易懂！495页Python漫画教程，高清PDF版开发下载

			
		

	





	

		

			

				
					
RNA-seq分析htseq-count的使用

				
			

			

				

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					2144
					
				

			

		

		

			
				
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐，其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使...

			
		

	





	

		

			

				
					
python怎么安装numpy？

					
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python怎么安装numpy？

			
		

	





	

		

			

				
					
武大超算平台安装tensorflow-gpu及其环境

				
			

			

				

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武大超算平台安装使用GPU环境下的tensorflow

			
		

	





	

		

			

				
					
'easy_install' cmd 安装命令

				
			

			

				

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**使用方法：**安装成功后，在命令行中使用以下格式来安装Python包：```easy_install包名```例如，安装一个名为`requests`的包：```easy_installrequests```**注意事项：**-确保在运行这些命令时具有管理员权限...

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

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              成就一亿技术人!
            

            

              拼手气红包6.0元
            

          

        

        

          

            还能输入1000个字符
          

          

             
          

          

            

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          个
        

        
红包个数最小为10个

      

      

        
        

          
          元
        

        
红包金额最低5元

      

      

        
        

          当前余额3.43元
          前往充值 >
        

      

      

        

          需支付：10.00元
        

        
        
      

    

  





  

    
    
  

  

    
    
  








  

    

      

        

          

            
            
成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
 发出的红包
            

          

        

        

          

          

          

        

      

    

    

  



      
      

      
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 1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
 2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

              

            

          

      

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