保姆级教程 | VMD输出局部结构及利用TkConsole实现旋转

背景

由于课题需要，现需要展示lammps模拟轨迹中的局部结构（主要是想可视化这里的结果：保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境），因为ovito效果有点笨笨的，所以我这里选用VMD软件为例进行操作，效果图（超级好看夸夸）：

（说明：主要的分子构型、靠近液体的电极板和其余极板，三者选用的显示样式均不同，下附详细流程）

步骤

1. 利用这里提到的程序和方法输出满足需要的轨迹文件：

保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境

用notepad++修改相关的【非结果性】内容，后续软件读取的必须项（至于为什么是这种格式，需要自己思考和探索哈）：①补充原子个数;②原子名的代码修改；③空一行

2. 导入VESTA中，转换成cif文件；进入MS中删除杂原子