7.10.2008

本文介绍了PROFphd软件的安装步骤及遇到的问题解决办法,并提供了psipred预测结果与真实结构整合的C++代码示例。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

 
1、安装PROFphd
下载网址:http://www.predictprotein.org/download.php
有新的软件即其安装文件PROFphd.run
安装:
   1) Create a folder on the file system named prof-tmp
 
   2) Download the prof package (either the LINUX or the OS X version) into       the prof-tmp folder
 
   3) Make the package executable by typing   chmod u+x PROFphd.run
 
   4) ./PROFphd.run follow the instructions to install
 
报错:
-bash-3.00$ ../prof ./single_seq.fasta fileRdb=single_rdbProfSec sec
Newline in left-justified string for sprintf at /picb/home40/cyd/dys/backup/PROFphd/prof-tmp/prof/scr/lib/lib-col.pl line 183.
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Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /picb/home40/cyd/dys/backup/PROFphd/prof-tmp/prof/scr/lib/prof.pm line 1218.
*** ERROR prof: after package prof:full (/picb/home40/cyd/dys/backup/PROFphd/prof-tmp/prof/scr/lib/prof.pm)
*** ERROR prof:full: failed initialising (prof:full:ini)58
*** ERROR prof:ini: after setfinal
*** ERROR prof:iniSetFinal: failed iniSetFinalFileIn:
*** ERROR prof:iniSetFinalFileIn: input format '' (of files in file=./single_seq.fasta) unsupported
 
 
2、psipred结果整合
PSIPRED Version 2.61
方法同jnet:
/*
combine.cpp
By DYS
Function:Combine name real structure and prediction structure
Inputfile:name.txt real_structure prediction_structure
Onputfile:result.txt
*/
 
#include <stdio.h>
#include <fstream>
#include <iostream>
 
using namespace std;
 
int main()
{
    ifstream name("name.txt");
    ifstream aa("protein.txt");
    ifstream real_structure("re_sturcture.txt");
    ifstream prediction("psipred_prediction_result.txt");
    ofstream combine("result.txt");
   
    string name_str,aa_str,real_structure_str,prediction_str;
   
    name>>name_str;
    while(!name.eof())
    {
         
          aa>>aa_str;
          real_structure>>real_structure_str;
          prediction>>prediction_str;
         
          //name_str>>endl>>aa_str>>endl>>real_structure_str>>endl>>prediction_str>>endl>>combine; 
          combine<<name_str<<endl<<aa_str<<endl<<real_structure_str<<endl<<prediction_str<<endl;
          
          name>>name_str;           
    }
}//int main
资源下载链接为: https://pan.quark.cn/s/22ca96b7bd39 在当今的软件开发领域,自动化构建与发布是提升开发效率和项目质量的关键环节。Jenkins Pipeline作为一种强大的自动化工具,能够有效助力Java项目的快速构建、测试及部署。本文将详细介绍如何利用Jenkins Pipeline实现Java项目的自动化构建与发布。 Jenkins Pipeline简介 Jenkins Pipeline是运行在Jenkins上的一套工作流框架,它将原本分散在单个或多个节点上独立运行的任务串联起来,实现复杂流程的编排与可视化。它是Jenkins 2.X的核心特性之一,推动了Jenkins从持续集成(CI)向持续交付(CD)及DevOps的转变。 创建Pipeline项目 要使用Jenkins Pipeline自动化构建发布Java项目,首先需要创建Pipeline项目。具体步骤如下: 登录Jenkins,点击“新建项”,选择“Pipeline”。 输入项目名称和描述,点击“确定”。 在Pipeline脚本中定义项目字典、发版脚本和预发布脚本。 编写Pipeline脚本 Pipeline脚本是Jenkins Pipeline的核心,用于定义自动化构建和发布的流程。以下是一个简单的Pipeline脚本示例: 在上述脚本中,定义了四个阶段:Checkout、Build、Push package和Deploy/Rollback。每个阶段都可以根据实际需求进行配置和调整。 通过Jenkins Pipeline自动化构建发布Java项目,可以显著提升开发效率和项目质量。借助Pipeline,我们能够轻松实现自动化构建、测试和部署,从而提高项目的整体质量和可靠性。
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