CASP

最新推荐文章于 2024-12-23 16:14:06 发布
最新推荐文章于 2024-12-23 16:14:06 发布
阅读量2.2k 收藏 2
点赞数
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： bio everyday 文章标签： structure
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/baggiohust/article/details/2685510
 

CASP介绍

CASP（Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）顾名思义，是世界范围内对蛋白质结构预测的技术方法的比赛。每两年举行一次，号称是蛋白质建模方面的Olympic。一般第一年预测，而第二年给出全面的评估。今年正好是CASP5（the Fifth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）的评估年。这里给出了参加此次CASP的所有方法的Abstract（CASP5.Abstr.doc）和各组的成绩评估（CASP5.Tables.doc）。也可参见CASP5的主页：http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/。

蛋白质结构预测 - 使用AlphaFold在CASP数据集上进行蛋白质结构预测。
sybh的博客
04-27 1079
最后，我们使用predict_structure函数进行蛋白质结构预测，并得到预测的结构。在本文中，我们介绍了如何使用AlphaFold在CASP数据集上进行蛋白质结构预测任务，并提供了Python代码实现。CASP竞赛是蛋白质结构预测领域的重要事件，有助于推动蛋白质结构预测领域的发展。AlphaFold的主要思想是，使用神经网络将蛋白质的序列和结构信息作为输入，并预测蛋白质的三维结构。在实际使用中，我们可以使用循环语句遍历所有选择的蛋白质，并对每个蛋白质进行结构预测。AlphaFold结构预测。
AI4S - ChimeraX Morph 动态显示 PDB 坐标 模拟 MD 状态 教程
AGI
04-26 980
在 分子动力学(Molecular Dynamics，MD) 模拟时，多组蛋白质三维结构的坐标，存储至同一个 PDB 中，默认加载至 ChimeraX，直接，静态显示 多组坐标。
CASP深入理解计算机系统01
m0_74782361的博客
03-15 806
汇编：就是把.s文件转换成.o目标文件，在这个阶段文件才可以执行，但是这是“伪”的，因为我们的程序用到了printf()函数，还需要去找它的定义，把它链接进我们的程序中，这样它才真正可以执行。但是不同的01串在不同的环境下有不同的解释方式，比如我们可以让00011000代表数字1，也可以让它代表数字0，比特流的具体含义取决于我们怎么解释它。拓展就是把头文件的内容替换进来，也就是把#include<stdio.h>替换成stdio.h中的内容。这就是所有了，我一天更新2节。预处理，编译，汇编，链接。
I-TASSER连续八届在CASP自动组竞赛中蝉联冠军
weixin_4528312的博客
02-10 1万+
蛋白质是生命的承载者，几乎支撑着生命的所有功能，细胞内发生的大部分反应都依赖于蛋白质。蛋白质的工作方式和功能取决于它独特的三维结构，也就是我们常说的“结构决定功能”。因此，了解蛋白质的三维结构，是理解生命与疾病的关键。毫不夸张地说，搞清楚了蛋白质的三维结构，就等于我们拿到了打开生命的钥匙。蛋白质折叠问题是《科学》杂志指出的人类在21世纪需要解决的125个科学前沿问题之一。通过蛋白质结构预测破译“第二遗传密码”，是生物学中心法则尚未揭示的奥妙之一，也是结构生物学面临的一项具有挑战性的重大基础性研究问题。
密西根大学张阳实验室郑伟博士在CASP15蛋白质结构预测大赛中斩获多项冠军
weixin_4528312的博客
12-18 3409
在有着蛋白质结构预测领域奥林匹克竞赛之称的最新一届CASP比赛中（CASP15），密西根大学张阳教授和Peter Freddolino教授实验室的郑伟博士在多个比赛项目中获得冠军。
CaspLab - Comet Assay Software Project-开源
04-28
CaspLab-彗星分析软件项目实验室是一种跨平台的图像分析软件，用于以SCGE（单细胞凝胶电泳）方法（也称为彗星分析方法）测量DNA损伤的水平。
CompTIA Advanced Security Practitioner (CASP) 信息安全认证模拟题
09-26
在本段中，我们涉及到的信息安全认证是CompTIA的CASP认证，这是一种高级信息安全专业认证。接下来，我将基于提供的文件内容，详细解释相关知识点。 首先，文件中提到了“DoS”，即拒绝服务攻击。这是一种常见的网络...
B2Casp服装行业网上商城系统v1.0
08-07
企成B2C服装行业网上商城系统适合大、中、小型企业建立企业品牌商城网站。 一、正版演示： 演示地址：//www.swit.cn/ecshop/Clothes/index.asp 后台演示 //www.swit.cn/ecshop/Clothes/admin/ad_login.asp 免费下载...
(word完整版)NOS和CASP评分.doc
10-24
"NOS和CASP评分在互联网中的应用" NOS（Network Operations System）和CASP（Chinese Academy of Sciences Performance）评分是网络运营商和研究机构常用的网络性能评估方法。下面我们将对NOS和CASP评分的概念、...
CASP16最新赛果：AlphaFold3王座未稳，全球顶尖团队反攻
weixin_56860330的博客
12-23 1202
本届CASP比赛，国内外各参赛团队在不同赛道上展示了各自的成果与进步，下面附国内外各课题组的成绩总结。国内课题组：课题组CASP16 成绩汇总郑伟蛋白质单体单结构域预测(z-score>-2.0)课题组排名第二蛋白质复合物 hard 蛋白预测排名第一核酸多聚体预测(z-score>-2.0)服务器组排名第一蛋白质核酸复合物预测排名第一复合物整体折叠精度估计排名第一复合物整体界面精度估计排名第二单体模型筛选排名第三多构象预测 TM-score排名第一杨建益。
ASP.net图片显示控件
06-08
用来写网页时显示图片用，网页开发时直接将它加入工程。
基于C#+ASP.NET实现的图片上传并进行列表浏览的ImageDisplayer控件例子代码
11-21
基于C#+ASP.NET实现的图片上传并进行列表浏览的ImageDisplayer控件例子代码。
图片上传控件（aspjpg）
08-18
aspjpeg是图片上传标准控件。是网页上传图片好帮手
CASP15比赛的新出的相关任务内容
weixin_45468600的博客
07-17 1339
题目：New prediction categories in CASP15 文献来源：Proteins. 2023;1–8. 代码：无 内容：结构预测关键评估（CASP）实验中的预测类别随着结构建模中需要解决特定问题的需要而变化。在CASP15中，引入了四种新的预测类别：RNA结构、配体-蛋白复合物、低聚结构及其界面的准确性，以及备选构象的集合。本文列出了这些类别的技术规范，并描述了它们在CASP数据管理系统中的集成。 1.背景介绍 结构预测的关键评估（CASP）是一个成熟的比赛，可以显
新国大张阳教授团队开发精度远超AlphaFold的AI蛋白质互作结构预测算法
weixin_4528312的博客
01-05 8763
通过利用宏基因数据库构建高质量多序列比对模型，人工智能（AI）在蛋白质-蛋白质复合物结构预测领域产生新的突破。
DEEPCON: protein contact prediction using dilated convolutional neural networks with dropout
热门推荐
weixin_42038527的博客
12-09 4万+
今天真的要开始正式进入科研状态了，之前一直都进入失败，咳！，那就先来看一篇相关领域的论文吧 —————————————————————————————————————————————— 题目：DEEPCON: protein contact prediction using dilated convolutional neural networks with dropout doi: 10.1093/bioinformatics/btz593 ...
图位克隆法
Baggio
12-18 6816
基因的图位克隆图位克隆(Map-based cloning)又称定位克隆(positionalcloning)，1986年首先由剑桥大学的AlanCoulson提出，用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行基因克隆的一种方法，在利用分子标记技术对目的基因进行精确定位的基础上，使用与目的基因紧密连锁的分子标记筛选DNA文库，从而构建目的基因区域的物理图谱，再利用此物理图谱通
CASP软件
最新发布
03-12
<think>好的，我现在需要回答用户关于CASP软件信息的查询。首先，我需要明确CASP软件的具体所指。CASP可能有多种含义，比如Critical Assessment of protein Structure Prediction（蛋白质结构预测关键评估），这是一个著名的生物信息学竞赛，用来评估蛋白质结构预测算法的性能。另外，也有可能用户指的是其他领域的软件，比如计算机辅助软件工程或安全工具，但根据提供的引用文献，尤其是引用[2]提到《Artificial Intelligence in Drug Design》的读书笔记，可能用户关注的是生物信息学或药物设计相关的工具。 接下来，我需要验证CASP是否与蛋白质结构预测相关。根据我的知识，CASP竞赛自1994年起每两年举办一次，旨在推动蛋白质结构预测技术的发展。参赛团队使用各种计算方法预测未知结构的蛋白质，随后与实验测定的结构进行比较评估。近年来，深度学习技术如AlphaFold在CASP中表现突出，显著提升了预测准确性。这可能与引用[3]提到的图机器学习工具相关，因为蛋白质结构可以表示为图数据。 然后，我需要检查用户提供的引用资料是否涉及CASP。引用[2]关于药物设计中的AI可能涉及结构预测，引用[3]的图机器学习工具可能与蛋白质结构建模有关。此外，引用[4]的论文链接虽然关于TD-Gammon，但可能不直接相关。因此，主要信息可能来自外部知识，但需要结合引用中的相关领域。 用户可能需要了解CASP的基本信息、应用场景、相关工具或如何获取该软件。由于CASP本身是一个评估平台，参赛者通常使用自己的软件，如AlphaFold、Rosetta等。因此，回答应区分CASP竞赛和具体使用的软件工具。同时，需要确保回答中的技术术语使用正确的LaTeX格式，如变量和公式用$...$，独立公式用$$...$$，并生成相关问题。 最后，生成的问题应围绕CASP的应用、相关算法、与AI的结合以及如何参与竞赛等，确保符合用户可能进一步探索的方向。需要确认所有引用标识正确对应，例如引用[^2]和[^3]可能涉及药物设计和图机器学习工具，与CASP的AI应用相关。</think>关于CASP软件的信息，目前公开资料中未明确提及名为“CASP”的独立软件工具。但根据生物信息学领域的背景，CASP（Critical Assessment of protein Structure Prediction）是蛋白质结构预测领域的国际权威竞赛，其核心目标是评估计算模型预测蛋白质三维结构的准确性。以下是相关信息的整合： ### 1. CASP竞赛的核心机制 - **评估框架**：参赛团队通过计算模型预测未知结构的蛋白质三维构象，最终通过实验测定的真实结构（如X射线晶体学、冷冻电镜）进行比对验证。评估指标包括$RMSD$（均方根偏差）和$GDT\_TS$（全局距离测试总分）。 - **技术演进**：从传统物理模拟方法（如分子动力学）到深度学习模型（如AlphaFold），预测精度从$RMSD$>10Å提升至接近实验误差（<1.5Å）。 ### 2. 相关工具与技术 - **AlphaFold**：DeepMind开发的深度学习模型，在CASP14中实现突破性表现，其核心算法包括图神经网络（GNN）和注意力机制，公式表示为： $$ \text{Score} = \sum_{i<j} \phi(r_{ij}) \cdot \text{Softmax}(QK^T/\sqrt{d})V $$ 其中$r_{ij}$为残基间距，$\phi$为特征编码函数。 - **Rosetta**：基于能量最小化的开源工具，常用于蛋白质设计和结构优化。 ### 3. 应用场景 - **药物设计**：精准的蛋白质结构预测可加速靶点识别和分子对接（如结合自由能计算$\Delta G_{\text{bind}}$）[^2]。 - **合成生物学**：指导酶工程改造，提升催化效率。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值