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RSS订阅转载 HIV 整合酶
《自然》：科学家破解整合酶的三维结构 英国和美国研究人员在1月31日的《自然》杂志上报告说，他们合作进行的一项最新研究模拟出整合酶的三维结构。整合酶在包括艾滋病病毒等逆转录酶病毒中可以找到，并且充当了艾滋病病毒在人体内复制时的“帮凶”。
2010-02-03 14:00:00
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转载 五个“时髦”技术被判死刑
GenomeWeb上面引用一个著名科学家的博客讲现在还比较时髦的生物技术路线中，有五个可能在最近几年内渐渐退出历史舞台。其中首位的就是GWAS.我前段时间也写过一篇文章表达GWAS局限性。 这五个技术路线有：1. Genome-Wide Association Studies (GWAS) studies based on single nucleotide pol
2010-01-08 18:28:00
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原创 zotero
http://www.zotero.org/ http://i.azpala.com/2009/06/05/cool-zotero-updates/
2010-01-05 22:07:00
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原创 图位克隆法
基因的图位克隆图位克隆(Map-based cloning)又称定位克隆(positionalcloning)，1986年首先由剑桥大学的AlanCoulson提出，用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行基因克隆的一种方法，在利用分子标记技术对目的基因进行精确定位的基础上，使用与目的基因紧密连锁的分子标记筛选DNA文库，从而构建目的基因区域的物理图谱，再利用此物理图谱通
2009-12-18 12:20:00
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转载 安装appserv-win32-2.5.6 修改 DocumentRoot没反应原因
安装appserv-win32-2.5.6 修改 DocumentRoot没反应原因2008-11-21 23:19最近几年都在学C#，突然朋友要我做个小网站，说要放到国外，所以决定用多年没用的PHP写，谁知装环境就碰到问题，本人吧appserv装到了D盘根目录， 问题是不管如何改httpd.conf 重启apache服务后，仍然没任何反应碰到这样的问题，尝试着用极端测试方法 ，
2009-12-08 20:24:00
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转载 罗素悖论
罗素悖论定义： 把所有集合分为2类，第一类中的集合以其自身为元素，第二类中的集合不以自身为元素，假令第一类集合所组成的集合为P，第二类所组成的集合为Q，于是有： P={A∣A∈A} Q={A∣A￠A}（￠：不属于的符号，因为实在找不到） 问，Q∈P 还是 Q∈Q？罗素悖论例子：由著名数学家伯特兰·罗素（Russel，1872—1970）提出的悖论与之相似：
2009-11-20 20:23:00
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原创 linux下安装jre
首先，下载（java的）Linux Runtime安装包到本地，注意：不要下载rpm包！下载那个名字为Linux Self-Extracting Binary的文件。注：jre-1_5_0_05-linux-i586.bin下载后，更改当前目录为你放文件的目录，运行以下命令：sudo mv jre-1_5_0_05-linux-i586.bin /usr/localcd /usr/localsu
2008-07-22 16:40:00
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原创 CASP
CASP介绍 CASP（Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）顾名思义，是世界范围内对蛋白质结构预测的技术方法的比赛。每两年举行一次，号称是蛋白质建模方面的Olympic。一般第一年预测，而第二年给出全面的评估。今年正好是CASP5（the Fifth Communit
2008-07-21 16:12:00
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原创 microRNA Introdiction
Despite the central function that microRNAs appear to play in biological and disease processes, the first microRNA, lin-4, was only discovered in 1993. This was believed to be an anomaly until 2000
2008-07-18 11:54:00
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原创 shell 文件操作
shell判断文件,目录是否存在或者具有权限 #!/bin/sh myPath="/var/log/httpd/"myFile="/var /log/httpd/access.log"#这里的-x 参数判断$myPath是否存在并且是否具有可执行权限if [ ! -x "$myPath"]; thenmkdi
2008-07-17 16:35:00
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原创 foreach
foreach 函数 foreach函数和别的函数非常的不一样。因为这个函数是用来做循环用的，Makefile中的foreach函数几乎是仿照于Unix标准Shell（/bin/sh）中的for语句，或是C-Shell（/bin/csh）中的foreach语句而构建的。它的语法是： $(foreach ;,;,;) 这个函数的意思是，把参数;中的单词逐一取出放到参数;所指定的
2008-07-15 20:59:00
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转载 实例 .bashrc
.bashrc文件样本1 #=============================================================== 2 # 3 # 个人的$HOME/.bashrc文件, 基于bash-2.05a(或更高版本) 4 # 5 # 最后更新日期: 星期2 4月15 20:32:34 CEST 2003 6 # 7 # 这个文件(一般情况下)被只
2008-07-14 20:55:00
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原创 日志 7.14.2008
1、 PROFphd结果1） 提取结果，从文件夹中批量复制文件至另一文件夹法一find dir -name *.c | xargs -i cp {} dir_a 法二#!/bin/shfor AA in `find . -name "*.c"`docp -r $AA /adone2）检查结果结果有16526个，但
2008-07-14 20:51:00
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原创 7.12.2008
PROFphd1、 分割文件 split.cpp #include #include #include #include #include
2008-07-12 17:34:00
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原创 7.11.2008
1、重装PROFphd 1）运行 ./PROFphd.run 2）使用默认安装 3）修改/prof/bin/ 下的文件后缀名 ！！！把 *.LINUX该会 *.UNKNOWN 4）运行测试安装 /prof/scr/test-install.pl 5）预测： ./prof ./exa/1ppt.hssp fileRdb=1ppt.out s
2008-07-12 17:32:00
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原创 7.10.2008
1、安装PROFphd下载网址：http://www.predictprotein.org/download.php有新的软件即其安装文件PROFphd.run安装： 1） Create a folder on the file system named prof-tmp 2） Download the prof package (either the LI
2008-07-12 17:29:00
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原创 7.9.2008
1、sspord重新预测，之前预测的是脂溶性。要用predict_ssa.sh预测。机器：10.10.119.60分割为p1-7000.txt和p7000-16632.txt两文件，分别在ssprod和BACKUP中运行。运行结果正常。 2、PROFphd（1）要求输入格式为HSSP：HOMOLOGY DERIVED SECONDARY STRUCTURE OF PROT
2008-07-12 17:25:00
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原创 日志 7.7.8.2008
工作报告 董迎松 引言：如下介绍的是蛋白质2级结构预测软件下载、安装、运行及其结果。 1、Jnet version：alpha 0.1 1）A Neural Network Protein Secondary Structure Prediction Method. Application of enhanced multiple sequence alignment profil
2008-07-12 17:20:00
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