R语言使用记录三

R语言【ClusterR】——KMeans_rcpp() 使用RcppArmadillo计算k-means。 Arguments 参数【data】:矩阵或数据框。参数【clusters】:聚类数量。参数【num_init】:使用不同质心种子运行算法的次数。参数【max_iters】:集群迭代的最大次数。参数【initializer】:初始化的方法。optimal_init, quantile_init, kmeans++和random之一。有关更多信息,请参阅详细信息。参数【fuzzy】:不是真就是假。如果为TRUE,则使用观测值与质心之间的距离计算预测概率 阅读详情

1.,使用clusters 命令可以完成分组。如果只看第一组的关系图可使用


clusters(g)
$membership
 [1] 1 1 1 1 1 1 2 2 3 1
  $csize
 [1] 7 2 1
 $no  [1] 3
dg <- decompose.graph(g) # returns a list of three graphsplot(dg[[1]]) # plot e.g. the 1st one 

参见
https://stackoverflow.com/questions/29730624/how-to-split-an-igraph-into-connected-subgraphs

三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记 R包准备 # https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #判断是否存在BiocManger包,没有的话下载该包 #判断是否存在这些包,不存在的话安装这些包 if(!require("KEGG.db")) BiocManager::instal 阅读详情

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