linux(ubuntu)系统已有python3.8的情况下安装python3.5.4

本文详细介绍了如何在Linux系统上为Python3.5版本创建独立安装,并将其设为默认,包括下载所需依赖库、编译安装、环境变量设置等步骤。

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由于课题需要,有一些包需要python3.5版本,但是linux系统自带的是python3.8版本的,因此,需要重新在大环境里安装python3.5.4版本的,并设置为默认版本,以下是安装配置过程。
1、下载需要的linux安装包:https://www.python.org
ubuntu记得下载linux版本.tgz结尾的安装包。
2、下载python所需要的依赖库(这一步要打开root下载:sudo -i)
(1)安装zlib1g-dev

sduo apt-get install gcc make zlib1g-dev

(2)安装bz2

sudo apt-get install libbz2-dev

(3)安装sqlite3

sudo apt-get install libsqlite3-dev

(4)其他:安装第三方库需要的库

sudo apt-get install python3-dev libxml2-dev libffi-dev libssl-dev libxslt1-dev

在这里插入图片描述

安装完成后关闭终端
3、创建python在系统里的安装位置文件夹(任意位置打开新的终端,不需要root用户了这次)

sudo mkdir /usr/local/python3

创建完可以打开这个位置确认一下是否建立出来了。
4、将下载的python解压到创建的目录中

tar -zxvf Python-3.5.4.tgz -C /usr/local/python3/

5、进入到解压后的python安装包下

cd /usr/local/python3/Python-3.5.4

6、编译安装包程序

./configure --prefix=/usr/local/python3

7、编译程序

make

8、下载编译好的程序到系统

make install

9、建立软连接
首先删除旧的软连接

mv /usr/bin/python /usr/bin/python_bak

建立新的软连接

sudo ln -s /usr/local/python3/bin/python3 /usr/bin/python

10、添加环境变量,这里好像不加也没事,保险起见还是加上吧
root模式下:

vi /etc/profile

将以下路径添加至文件中

#Python3.6.4
PATH=$PATH:$HOME/bin:/usr/bin/python3/bin
export PATH

在这里插入图片描述执行下面这句,使修改生效

source /etc/profile

11、验证python此时版本

python -V
pip install cyvcf2 Collecting cyvcf2 Using cached cyvcf2-0.31.1.tar.gz (1.3 MB) Installing build dependencies ... done Getting requirements to build wheel ... done Preparing metadata (pyproject.toml) ... done Collecting numpy>=1.16.0 (from cyvcf2) Using cached numpy-2.2.3-cp312-cp312-win_amd64.whl.metadata (60 kB) Collecting coloredlogs (from cyvcf2) Using cached coloredlogs-15.0.1-py2.py3-none-any.whl.metadata (12 kB) Collecting click (from cyvcf2) Using cached click-8.1.8-py3-none-any.whl.metadata (2.3 kB) Collecting colorama (from click->cyvcf2) Using cached colorama-0.4.6-py2.py3-none-any.whl.metadata (17 kB) Collecting humanfriendly>=9.1 (from coloredlogs->cyvcf2) Using cached humanfriendly-10.0-py2.py3-none-any.whl.metadata (9.2 kB) Collecting pyreadline3 (from humanfriendly>=9.1->coloredlogs->cyvcf2) Using cached pyreadline3-3.5.4-py3-none-any.whl.metadata (4.7 kB) Using cached numpy-2.2.3-cp312-cp312-win_amd64.whl (12.6 MB) Using cached click-8.1.8-py3-none-any.whl (98 kB) Using cached coloredlogs-15.0.1-py2.py3-none-any.whl (46 kB) Using cached humanfriendly-10.0-py2.py3-none-any.whl (86 kB) Using cached colorama-0.4.6-py2.py3-none-any.whl (25 kB) Using cached pyreadline3-3.5.4-py3-none-any.whl (83 kB) Building wheels for collected packages: cyvcf2 Building wheel for cyvcf2 (pyproject.toml) ... error error: subprocess-exited-with-error × Building wheel for cyvcf2 (pyproject.toml) did not run successfully. │ exit code: 1 ╰─> [84 lines of output] running bdist_wheel running build running build_py creating build\lib.win-amd64-cpython-312\cyvcf2 copying cyvcf2\cli.py -> build\lib.win-amd64-cpython-312\cyvcf2 copying cyvcf2\__init__.py -> build\lib.win-amd64-cpython-312\cyvcf2 copying cyvcf2\__main__.py -> build\lib.win-amd64-cpython-312\cyvcf2 running egg_info writing cyvcf2.egg-info\PKG-INFO writing dependency_links to cyvcf2.egg-info\dependency_links.txt writing e
03-12
<think>嗯,用户遇到了安装cyvcf2时构建wheel失败的问题,错误信息是subprocess-exited-with-error,退出代码1。首先,我需要回忆一下常见的pip安装错误原因。根据用户提供的引用内容,可能的原因包括依赖冲突、缺少系统库或者Python环境问题。 首先,用户的问题可能和依赖冲突有关。引用[2]提到,安装时出现这种错误通常是因为包之间的冲突,比如版本不兼容。可以建议用户先尝试安装时不处理依赖,使用--no-dependencies选项,但之后可能需要手动安装依赖。不过cyvcf2可能依赖一些特定的库,比如Cython或者h5py,这些可能需要预先安装。 其次,系统依赖的问题也很常见。cyvcf2是一个处理VCF文件的Python库,可能依赖某些C/C++库,比如zlib、hdf5等。用户可能需要安装这些系统级的开发包。例如,在Ubuntu上,可能需要安装zlib1g-dev、libhdf5-dev等,然后重新尝试安装。 另外,Python环境的问题也不可忽视。用户是否在使用虚拟环境?是否有多个Python版本导致混淆?建议用户检查Python版本是否符合cyvcf2的要求,并确保pip和setuptools是最新版本。升级这些工具可能解决构建问题。 还有,错误日志的具体内容对诊断问题很重要。用户提供的错误信息中可能包含更详细的线索,比如缺少某个头文件或者编译错误。需要引导用户查看完整的错误输出,找到具体的错误行,例如是否提示某个库缺失或者编译器错误。 此外,引用[2]中提到,可以尝试使用--no-cache-dir选项避免缓存带来的问题,或者从预编译的wheel安装。如果cyvcf2在PyPI上有wheel,可能在某些平台或Python版本下不可用,用户可能需要从源代码编译,这时候需要确保所有构建依赖已安装。 最后,如果上述方法都不奏效,可能需要查阅cyvcf2的官方文档或问题追踪系统,看看是否有已知的问题或安装指南。有时候,特定版本的操作系统Python版本可能需要额外的步骤。</think>安装 `cyvcf2` 时遇到构建wheel失败的问题,通常与依赖项缺失或编译环境配置有关。以下是分步解决方案: --- ### **1. 安装系统级依赖** `cyvcf2` 依赖 `zlib` 和 `hdf5` 等系统库。在Linux系统中需安装开发版本: - **Ubuntu/Debian**: ```bash sudo apt-get install zlib1g-dev libhdf5-dev ``` - **CentOS/RHEL**: ```bash sudo yum install zlib-devel hdf5-devel ``` --- ### **2. 确保Python环境正确** - **升级pip和setuptools**: ```bash python -m pip install --upgrade pip setuptools wheel ``` - **验证Python版本**:`cyvcf2` 需要Python3.6,建议使用Python 3.8+。 --- ### **3. 尝试指定安装选项** - **跳过依赖检查**(可能需后续手动补装依赖): ```bash pip install cyvcf2 --no-dependencies --no-binary :all: ``` - **强制从源码构建**: ```bash pip install cyvcf2 --no-binary cyvcf2 ``` --- ### **4. 检查错误日志** 从完整错误日志中定位具体问题(例如缺少头文件或编译器错误): - 若提示 `hdf5.h not found`,需确保 `libhdf5-dev` 已安装,并通过环境变量指定头文件路径: ```bash export C_INCLUDE_PATH=/usr/include/hdf5/serial/ pip install cyvcf2 ``` --- ### **5. 使用conda安装(推荐)** 若pip反复失败,可尝试通过conda管理依赖: ```bash conda install -c bioconda cyvcf2 ``` Conda会自动解决系统库依赖问题[^2]。 --- ### **6. 其他尝试** - **清除缓存**: ```bash pip install cyvcf2 --no-cache-dir ``` - **指定低版本**:某些旧版本可能兼容性更好: ```bash pip install cyvcf2==0.30.0 ``` ---
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