ggplot2绘制分组小提琴图并添加统计学显著性标识

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已于 2022-12-21 15:44:10 修改 · 7k 阅读

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#r语言

于 2022-12-20 23:34:28 首次发布

该博客介绍了如何使用R语言处理CIBERSORT计算的免疫细胞丰度数据，并通过一致性聚类进行分组。作者使用小提琴图进行可视化展示，同时添加显著性标识，展示了数据处理和绘图的完整过程。在绘图过程中，采用了非配对t检验来评估显著性，并对图形进行了美化，包括调整颜色、添加显著性符号和直线等。

昨天我用CIBERSORT计算了22种免疫细胞的丰度，接下来需要就要可视化展示。前面的数据处理我用一致性聚类已经分为两组，用分组小提琴图可视化并添加显著性标识。最终图形如下所示：

先准备cibersort计算出来的数据

rm(list = ls())

#加载CIBERSORT计算好的免疫细胞丰度数据和分组信息
load("cibersort.Rdata")
load("cluster.Rdata")

#共两个变量
immu_cell[1:4,1:4]
#          B cells naive B cells memory Plasma cells T cells CD8
#GSM274895    0.01745695     0.12191198            0  0.07672544
#GSM274896    0.03575428     0.04171772            0  0.09460395
#GSM274897    0.00000000     0.16174924            0  0.07250404
#GSM274898    0.22305092     0.32276996            0  0.03555180
head(group,3)
#             sample    group
#GSM274895 GSM274895 cluster1
#GSM274896 GSM274896 cluster1
#GSM274897 GSM274897 cluster

library(dplyr)
library(tidyr)
library(tibble)

#转化为数据框并将行名转为为一列
immu_cell <- immu_cell %>% as.data.frame() %>% rownames_to