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本文介绍了在使用R包biomaRt时可能遇到的三个常见错误及解决方案。错误1是关于`filter_`方法未找到适用于特定对象的方法，解决方法是在调用时添加`useCache = FALSE`。错误2是由于Mart的URL已弃用，需要更新`host`参数。错误3是SSL证书问题，可以通过调整SSL配置来解决。
biomaRt 介绍及bug解决
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- 什么是biomaRt
- biomaRt都有些什么？
- 使用biomaRt会遇到下面的bug，解决方案如下
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- 1.Error in UseMethod("filter_") : "filter_"没有适用于"c('tbl_SQLiteConnection', 'tbl_dbi', 'tbl_sql', 'tbl_lazy', 'tbl')"目标对象的方法
- 2.错误: Unexpected format to the list of available marts.Please check the following URL manually, and try ?listMarts for advice.
- 3.Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : SSL certificate problem: unable to get local issuer certificate
什么是biomaRt
生物学家，生物信息学家经常要查询各种数据库，pubmed，geo等。这些数据库都有他们各自的UI界面，从这些UI界面获取信息意味着我们要学习很多种UI界面，只有这样我们才能准确的query到我们想要的东西。频繁的在这些界面之间切换可能使我们感到烦躁不适。因此，European Molecular Biology Laboratory的Mike Smith开发了这款R package，相信掌握了R语言的你们不会错过。
BiocManager::install("biomaRt")
安装好后
library("biomaRt")
就能开始使用了。从此，我们就可以在R里畅游生物学数据库了。
biomaRt都有些什么？
biomaRt::listMarts
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