UPGM聚类绘图

最新推荐文章于 2024-12-12 22:45:24 发布

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最新推荐文章于 2024-12-12 22:45:24 发布 · 909 阅读

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#r语言 #笔记 #经验分享

本人虽在生信行业浑水摸鱼了几年，但是依旧处于中下等技术水平，为了避免自己一直处于下游状态，遇到问题抓紧记录一哈子！

一、upgm聚类图

今日在绘制upgm图出现问题，出现图这样的问题。X轴标签和标题sample嵌套，糊在一起了

经过网上一顿搜索，已经解决，具体看如下代码：

library(vegan)
theme_set(theme_bw())
library(jsonlite)
library(optparse)
data <- read.delim(file="Phylum.txt", header=T, row.names=1, stringsAsFactors=F, comment.char="", sep="\t", check.names=F)
data <- data[apply(data, 1, sd)>0,]
data <- data[,apply(data, 2, max)>0]
meta <- as.data.frame(fromJSON("info.json")$sampleInfo)
meta <- meta[,c("id", "group")]
outname <- "upgm"

d <- vegdist(t(data), method="bray")
upgma <- hclust(d, method="average")

png(paste0(outname, ".png"), width=1580, height=1080, res=300)
par(mai=c(2,