从 ADNI 的 XML 文件中读取临床信息

最新推荐文章于 2022-06-29 08:02:12 发布

原创最新推荐文章于 2022-06-29 08:02:12 发布 · 1.8k 阅读

30 ·

CC 4.0 BY-SA版权

医学影像&生物信息专栏收录该内容

8 篇文章

订阅专栏

本文提供了一种手把手式的ADNI影像数据下载与使用指南，重点介绍了如何通过Python读取XML文件中的project和subject信息，包括项目标识符、描述、站点、主题标识符、研究组及性别等关键字段。

Python3.8

Conda

Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

本文配合手把手式介绍 ADNI 影像数据下载使用。

仅给出了如下读取XML文件中的project和subject信息的部分代码，读取其他内容采用一样的写法即可。

只适合自己批量读取一下XML文件，所以凑合看即可。

可以循环遍历所有subject的XML文件，每次调用一下以下函数，然后存到一个list中，再用pandas保存到csv中。

代码如下：


def rxml(file):
    DOMTree = xml.dom.minidom.parse(file)
    root = DOMTree.documentElement

    # project
    project = root.getElementsByTagName("project")
    proID = project[0].getElementsByTagName("projectIdentifier")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("projectIdentifier")) else ""
    ProDes = project[0].getElementsByTagName("projectDescription")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("projectDescription")) else ""
    site = project[0].getElementsByTagName("siteKey")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("siteKey")) else ""

    # subject
    subject = project[0].getElementsByTagName("subject")
    subID = subject[0].getElementsByTagName("subjectIdentifier")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("subjectIdentifier")) else ""
    group = subject[0].getElementsByTagName("researchGroup")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("researchGroup")) else ""
    sex = subject[0].getElementsByTagName("subjectSex")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("subjectSex")) else ""
    
        return proID, ProDes, site, subID, group, sex