永远想不起来更新的博客

手动抄写自B站genPred格式是table分割的，在Genome Browser中用于记录基因预测信息的常用形式。常见的genePred及变种对应如下：Gene Predictionstable genePred"A gene prediction."(string name: "Name of gene" //基因名称string chrom: "Chromosome name" //染色体名称char[1] strand: "+ or - for strand" //

之前写了Plink常用命令总结是对Plink的一些基础命令的简单记录，经过一段时间的使用，也写了一个使用Plink对SNP数据进行质量控制的简单pipeline的记录，现在再做一些总结，就称为Plink的进阶使用方法吧。提取一段位置区间的所有SNPplink --bfile sample --extract range myrange.txt --recode --out rang合并Plink格式文件plink --file sample1--merge sample2.ped sample2.

本文配合手把手式介绍 ADNI 影像数据下载使用。仅给出了如下读取XML文件中的project和subject信息的部分代码，读取其他内容采用一样的写法即可。只适合自己批量读取一下XML文件，所以凑合看即可。可以循环遍历所有subject的XML文件，每次调用一下以下函数，然后存到一个list中，再用pandas保存到csv中。代码如下：def rxml(file): DOMTree = xml.dom.minidom.parse(file) root = DOMTree.doc

1.搜索1.1登录打开ADNI的官网：http://adni.loni.usc.edu/，进入下面的界面。点击 DATA&SMPLES 下的 ACCESS DATA AND SAMPLES，如下图。页面跳转以后点击中间的“LOGIN”，这时会跳出一个新的界面，然后在右上角输入自己的帐号、密码即可。如果没有权限可以跳转到第2部分看看如何申请权限。登录以后选择DOWNLOAD下的 Image Collections就是搜索下载影像数据，其他还有一些学习测试数据和遗传数据。1.2 sea

前在做和基因相关的分析时，拿到基因型数据，首先要进行质量控制。在使用Plink进行质量控制时，一般包含以下几步：individual and SNP missingness,（筛选个体和SNP）inconsistencies in assigned and genetic sex of subjects (see sex discrepancy),（性别是否出错）minor allel...

文章目录一、基本操作二、质量控制三、编码一、基本操作1、–bfile 、 --file 和 --tfile读取文件–bfile 读取二进制文件，bed、bim和fam格式–file 读取文本文件，ped和map格式使用以上两个命令时，文件命名要一致，如test.bed、test.bim、test.fam二进制文件比较小，处理速度比较快2、–out指定输出文件的名称3、–reco...

最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。如下：缩写 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urotheli...

整理一些医学影像、生物信息相关的数据库，应该会持续更新。暂时就这么分类吧。医学影像名称网址备注阿尔茨海默病神经成像倡议（ADNI）http://adni.loni.usc.edu/data-samples/access-data/需要注册，有MRI、遗传数据和临床数据用于血管提取的数字视网膜图像（DRIVE）http : //www.isi.uu.nl/Res...